PDB-8oee: Crystal structure of human AQP2 T126M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oee

タイトル

Crystal structure of human AQP2 T126M mutant

要素

Aquaporin-2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Aquaporin / water channel

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Horsefield, S. / Hagstroemer, C.J.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of aquaporin-2 mutants involved in nephrogenic diabetes insipidus.
著者: Hagstromer, C.J. / Hyld Steffen, J. / Kreida, S. / Al-Jubair, T. / Frick, A. / Gourdon, P. / Tornroth-Horsefield, S.

履歴

登録	2023年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oee.cif.gz	436.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oee.ent.gz	307.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oee.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oee	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ghjC 4nef C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aquaporin-2

B: Aquaporin-2

C: Aquaporin-2

D: Aquaporin-2

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.940, 118.940, 89.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂
Space group name Hall	P4c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/2 #3: y,-x,z+1/2 #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Aquaporin-2 / AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD ...AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD / Water channel protein for renal collecting duct 分子量: 25169.312 Da / 分子数: 4 / 変異: T126M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P41181
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20- 30% PEG400, Tris-HCl pH 8.5, 0.1M MgCl2, 0.1M NaCl, 0.025 M CdCl2 added to the drop only

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→89.98 Å / Num. obs: 42680 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 99 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 3.15→3.36 Å / Num. unique obs: 3952 / CC_1/2: 0.208

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.15→71.75 Å / SU ML: 0.6654 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.0807
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2843	2132	5 %
R_work	0.2504	40548	-
obs	0.252	42680	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→71.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6928	0	2	15	6945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	7092
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6321	9692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0401	1175
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.96	982

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.22	0.4444	128	0.3861	2694	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3.22-3.3	0.4363	135	0.381	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.3-3.39	0.3614	148	0.3594	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.39-3.49	0.4043	136	0.3565	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.49-3.6	0.3356	178	0.3188	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.6-3.73	0.2932	190	0.2831	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.88	0.299	128	0.2513	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.88-4.06	0.2604	102	0.2258	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.27	0.3478	122	0.2229	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.54	0.2336	154	0.2121	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.54-4.89	0.2153	156	0.2057	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-5.38	0.2411	146	0.2174	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
5.38-6.16	0.2638	132	0.2638	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
6.16-7.75	0.2617	152	0.237	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
7.76-71.75	0.2821	125	0.2321	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5177599935	1.48828072544	-1.61683269094	4.84353117109	-0.151358715299	6.80687840994	0.24198639567	-1.35931294306	-0.734072420933	0.937324433338	-0.453573253434	-1.01029395654	0.65765864687	0.27898135622	0.218866693328	0.768323837133	-0.196149960371	-0.243783958655	1.32884517911	0.12259897298	0.822606446469	20.8543117785	-53.7126977409	21.6311379802
2	1.41327810337	-0.369903920368	-1.17287869523	4.84284106579	0.236981107055	3.08965726053	0.452519600287	-0.830726063685	0.209142843014	0.723700162353	-0.5679138896	-0.522125376917	-0.458052005269	0.0348231944216	0.0645443648083	0.918530038757	-0.31330886073	-0.138021260856	1.11505509925	-0.147601392305	0.741551266171	16.6691750441	-41.1279164541	22.7687849568
3	2.55077870121	-0.0573445933067	-1.40573923865	5.65538571857	1.02880692165	5.58390255113	-0.528135263679	0.43674862303	1.69538371669	-0.827596789052	0.443868842868	0.637957243351	-1.5157450903	-0.846327540856	-0.17544208665	1.49387088329	-0.0603722374082	0.173195143151	0.842529926331	0.16012942474	0.831412762701	9.60020263808	-29.606773615	-14.3132613476
4	1.58004975916	0.22334253944	-1.32538064656	3.07442788283	-0.538739756124	1.19533473001	0.588549103357	-0.714242033672	0.467538165871	0.03948659634	0.106495625232	-1.12477355693	-0.747761953936	0.902952168536	0.510206009303	2.32365908367	-1.51878947553	0.88677231327	1.81251061589	-0.673520613644	1.87367919951	32.466660623	-26.108800875	-3.47633037722
5	3.41286006321	-0.400364782522	-0.690372621744	4.34633087387	0.903461614882	4.34408005334	-0.134997857273	1.12888201334	0.80955473558	-1.47511930031	-0.215109494951	-0.576181468733	-1.25551500773	0.3242442125	-0.0138857714678	0.999698790826	-0.0735474733743	0.110156366363	0.457538725586	0.145586060005	0.678969676491	14.8160210848	-36.3121849387	-6.20813516801
6	5.18433327439	-4.57410677787	-2.88144015811	4.03361797824	2.55949279326	1.99733570746	-0.441808358436	1.59286247116	0.311109990573	-2.35993809132	-0.395083004017	0.871579861182	0.845957225291	-1.0348656701	0.431840617949	1.40622822828	-0.383314543964	0.0804660020624	1.27388055642	0.0106967402998	1.07409146285	8.64399356744	-42.8366915612	-20.7617379483
7	5.79127363077	0.888370666092	2.80814982214	1.86289236497	3.04291768726	5.23972139565	-0.306847789023	0.275980059996	0.953602692665	-0.959009356394	0.660160905164	0.201519160849	-0.742711920564	-0.947773162512	-0.839081450352	1.95115974616	-0.225141393785	0.179391179101	1.06490967211	0.475147514057	1.06607826999	12.6524609114	-28.5170217842	-20.0327129439
8	0.642855410197	0.602315658872	0.993704674239	3.33006525457	0.553127579616	1.5212322925	-0.601934337692	0.601219110213	0.493491028227	-0.161458710773	0.285642892557	-0.36912514034	-0.664415832702	1.98429872948	-0.305567602266	1.54904526535	-0.775038061787	0.0945347730778	2.00883784508	0.455078428243	1.11532553708	32.33475071	-28.9999190582	-15.117684024
9	2.9679274001	-0.639130916742	-1.80653597001	1.05688432127	0.48830178389	4.5436245083	-0.253246736021	-0.248496904646	-0.369320185177	-1.64492786282	-0.19377420478	-0.564754720558	0.0584383382907	-0.21313471259	0.212562073043	1.51540349581	-0.316463947209	0.368864432202	1.17422871466	0.0259326958766	0.804279936167	21.102601824	-47.7334314975	-16.6411648811
10	4.39896380749	4.51358601142	3.26029486918	4.91932301949	3.35754231701	4.44684478286	-0.26422179454	-1.81651085677	1.26075982761	-0.367547557337	-1.55030536175	2.27918978326	-0.379942035657	-0.839001408217	1.27187541872	1.99521262162	-0.676238007106	0.521288547061	1.35403151388	-0.711627503872	2.16080408608	4.12723661621	-52.4475495765	-7.08899722953
11	3.32004318028	-2.19976449126	0.657949317129	2.14107088348	1.0256185757	3.33189933727	-0.327426346103	0.725630243914	0.437340877233	-1.00914122327	-0.503218884346	-0.460825760131	-0.0580431047491	0.76112644051	-0.145111101806	1.25907284501	-0.290966438161	0.469119245173	1.14776651006	0.22995203937	0.726562245521	23.2144097729	-42.7860776503	-8.43641015905
12	4.45532846997	4.77181899001	1.02342722163	2.0017298312	-2.33718699062	2.66576360545	-0.142862537889	0.728517739444	0.223449970046	-1.53553832439	0.544978614446	-1.52556688589	-0.714715236179	1.71799569725	1.02132686248	1.9000957601	-0.844639231583	0.517892573798	1.31069718705	0.0292557259784	1.64934397027	25.331436342	-31.617181552	-20.5268605156
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27	2.7849044362	-1.5783238482	-2.06327702207	2.806550204	4.08930671686	6.01677461135	-1.98789525117	-0.0941088873012	-1.12861341164	1.33309416877	0.124339197712	-0.261262692203	0.542832686851	-0.920218992191	1.0687659739	2.46271588317	-0.905046834785	-0.458552541495	1.27639040293	0.67443097684	1.38711987614	-11.6495939454	-31.6805292683	-9.99249472986

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 107 )	A	A	2 - 107	1 - 106
2	2	chain 'A' and (resid 108 through 240 )	A	A	108 - 240	107 - 239
3	3	chain 'B' and (resid 6 through 31 )	B	B	6 - 31	1 - 26
4	4	chain 'B' and (resid 32 through 40 )	B	B	32 - 40	27 - 35
5	5	chain 'B' and (resid 41 through 63 )	B	B	41 - 63	36 - 58
6	6	chain 'B' and (resid 64 through 82 )	B	B	64 - 82	59 - 77
7	7	chain 'B' and (resid 83 through 107 )	B	B	83 - 107	78 - 102
8	8	chain 'B' and (resid 108 through 126 )	B	B	108 - 126	103 - 121
9	9	chain 'B' and (resid 127 through 149 )	B	B	127 - 149	122 - 144
10	10	chain 'B' and (resid 150 through 159 )	B	B	150 - 159	145 - 154
11	11	chain 'B' and (resid 160 through 179 )	B	B	160 - 179	155 - 174
12	12	chain 'B' and (resid 180 through 200 )	B	B	180 - 200	175 - 195
13	13	chain 'B' and (resid 201 through 221 )	B	B	201 - 221	196 - 216
14	14	chain 'B' and (resid 222 through 229 )	B	B	222 - 229	217 - 224
15	15	chain 'B' and (resid 230 through 238 )	B	B	230 - 238	225 - 233
16	16	chain 'C' and (resid 6 through 148 )	C	C	6 - 148	1 - 143
17	17	chain 'C' and (resid 149 through 179 )	C	C	149 - 179	144 - 174
18	18	chain 'C' and (resid 180 through 241 )	C	C	180 - 241	175 - 236
19	19	chain 'D' and (resid 2 through 31 )	D	D	2 - 31	1 - 30
20	20	chain 'D' and (resid 32 through 63 )	D	D	32 - 63	31 - 62
21	21	chain 'D' and (resid 64 through 105 )	D	D	64 - 105	63 - 104
22	22	chain 'D' and (resid 106 through 148 )	D	D	106 - 148	105 - 147
23	23	chain 'D' and (resid 149 through 159 )	D	D	149 - 159	148 - 158
24	24	chain 'D' and (resid 160 through 179 )	D	D	160 - 179	159 - 178
25	25	chain 'D' and (resid 180 through 200 )	D	D	180 - 200	179 - 199
26	26	chain 'D' and (resid 201 through 221 )	D	D	201 - 221	200 - 220
27	27	chain 'D' and (resid 222 through 233 )	D	D	222 - 233	221 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)