PDB-8odo: Structure of human guanylylated RTCB in complex with Archease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8odo

タイトル

Structure of human guanylylated RTCB in complex with Archease

要素

Protein archease
RNA-splicing ligase RtcB homolog

キーワード

LIGASE / archease / RTCB / human / tRNA

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / : / tRNA-splicing ligase complex / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / vinculin binding / tRNA processing in the nucleus / placenta development / nuclear envelope / in utero embryonic development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kopp, J. / Gerber, J.L. / Peschek, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into activation of the human RNA ligase RTCB by Archease.
著者: Gerber, J.L. / Morales Guzman, S.I. / Worf, L. / Hubbe, P. / Kopp, J. / Peschek, J.

履歴

登録	2023年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8odo.ent.gz	887.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8odo_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8odo_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8odo_validation.xml.gz	94.1 KB	表示
CIF形式データ	8odo_validation.cif.gz	130.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/8odo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/8odo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bttC 8btxC 8odpC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-splicing ligase RtcB homolog

B: Protein archease

C: RNA-splicing ligase RtcB homolog

D: Protein archease

E: RNA-splicing ligase RtcB homolog

F: Protein archease

G: RNA-splicing ligase RtcB homolog

H: Protein archease

ヘテロ分子

316 kDa, 8 ポリマー
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1

A: RNA-splicing ligase RtcB homolog

B: Protein archease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, complex is a hetero dimer of human RTCB and human archease
79 kDa, 2 ポリマー
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2

C: RNA-splicing ligase RtcB homolog

D: Protein archease

ヘテロ分子

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79 kDa, 2 ポリマー
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3

E: RNA-splicing ligase RtcB homolog

F: Protein archease

ヘテロ分子

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79 kDa, 2 ポリマー
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4

G: RNA-splicing ligase RtcB homolog

H: Protein archease

ヘテロ分子

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根拠: gel filtration, complex is a hetero dimer of human RTCB and human archease
79 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.090, 125.547, 125.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	RNA-splicing ligase RtcB homolog / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase 分子量: 55412.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTCB, C22orf28, HSPC117 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y3I0, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase
#2: タンパク質	Protein archease 分子量: 22997.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB8OS / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A8K0B5

-
非ポリマー , 4種, 659分子

#3: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: protein: RTCB 160 uM, Archease 200 uM, 2 mM manganese chloride, 2 mM GTP reservoir: 10% w/v PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 8% v/v ethylene glycol drop: 200 nl protein + 200 nl reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9737 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月3日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→119.23 Å / Num. obs: 145859 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 44.78 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6868 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.495 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	20210205	データ削減
Aimless	1.12.10	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292120363

解像度: 2.2→75.23 Å / SU ML: 0.2795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8484
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	7183	4.94 %
R_work	0.1933	138355	-
obs	0.1945	145538	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→75.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20965	0	120	643	21728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	21502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4961	29081
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	3167
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3815
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9423	7942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.4266	233	0.3683	4351	X-RAY DIFFRACTION	94.79
2.23-2.26	0.3876	258	0.3489	4577	X-RAY DIFFRACTION	98.23
2.26-2.28	0.4174	250	0.3276	4510	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.28-2.31	0.3442	212	0.3163	4592	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.31-2.34	0.3017	251	0.3023	4543	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.34-2.38	0.3162	252	0.2811	4592	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.38-2.41	0.2985	249	0.2801	4542	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.41-2.45	0.2998	246	0.278	4555	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.45-2.48	0.322	239	0.2889	4576	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.48-2.52	0.3439	239	0.2872	4618	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.52-2.57	0.2869	232	0.2732	4549	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.57-2.61	0.3326	221	0.2673	4714	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.61-2.66	0.3165	239	0.2466	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.66-2.72	0.2798	238	0.2444	4568	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.72-2.78	0.2785	251	0.2286	4629	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.78-2.84	0.3035	216	0.2332	4641	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.84-2.91	0.2398	258	0.2278	4645	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.91-2.99	0.2356	235	0.2223	4621	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.99-3.08	0.2798	232	0.23	4606	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.08-3.18	0.2579	266	0.2229	4579	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.18-3.29	0.2432	263	0.2081	4647	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.29-3.43	0.2179	237	0.196	4662	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.43-3.58	0.2154	242	0.1855	4634	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.58-3.77	0.1786	261	0.1779	4609	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.77-4.01	0.1835	225	0.1656	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.01-4.32	0.1959	218	0.1481	4720	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.32-4.75	0.153	232	0.1372	4666	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.75-5.44	0.1566	198	0.1494	4710	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.44-6.85	0.159	233	0.1641	4709	X-RAY DIFFRACTION	99.68
6.85-75.23	0.1459	257	0.1397	4718	X-RAY DIFFRACTION	98.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.66638047343	0.177436493529	0.236792557607	0.443841841159	-0.0246385839369	1.22823506578	-0.0705425753569	-0.579239787875	0.441973179665	0.224354066907	-0.167739068895	0.0219499272447	-0.112459556813	-0.372134757716	0.191630535179	0.439596878263	0.0620241170587	0.00800792131438	0.675567088194	-0.170785129251	0.506828063257	18.04	64.505	78.039
2	1.02768822119	0.417720029026	-0.0548259136958	0.677916633969	0.1572883101	1.10076313803	-0.146095201971	-0.0433495645181	0.251621892856	0.0530634622984	0.0383320976911	0.0801340415825	-0.127316989062	-0.164021537878	0.102761646283	0.405006619568	0.0375951271392	-0.0664943252514	0.391993452069	-0.0616255950653	0.470431830865	31.472	65.938	63.276
3	1.36185778157	-0.346293512058	0.653632095001	0.90058183697	-0.0514198521746	1.57591367851	-0.0469308008422	0.169818382367	0.180462398539	0.0505598829356	-0.0893331507139	-0.0686602846516	-0.00511266035626	0.263370106342	0.115899395368	0.427713297882	0.00323918059766	-0.00185653424753	0.469762704928	0.00729999856978	0.48466944041	47.724	61.222	50.717
4	0.940505201542	-0.0425226609473	-0.0534433100303	0.558702565008	-0.363110572961	1.63994665904	-0.0824270533999	-0.125515074039	0.358320387128	0.21866027968	-0.136909763926	-0.0943239755662	-0.369232426113	-0.0816307256292	0.238014178813	0.495012222765	0.0299302505546	-0.136988836899	0.388061901872	-0.0383610116288	0.626378694153	40.346	80.816	59.843
5	1.58025760204	0.117517213811	0.244003022752	0.00702617950258	0.113214816657	1.21576618311	0.0884381816598	-0.107185659759	-0.391524919297	-0.0170757451991	-0.0878318369806	-0.034314308054	0.436982962407	-0.0389676409066	0.0554126645112	0.501119428932	0.00923389987062	-0.00614053002355	0.405674938349	-0.00933375025785	0.487136411618	31.287	46.325	62.42
6	1.00171817582	0.0906448100368	0.126736478757	1.41628633607	-0.434700181848	1.45549514403	-0.123870890958	-0.00569634664906	0.188783175204	0.013616029862	-0.0799876236398	-0.204379632167	-0.136189702173	0.186898629996	0.144416598365	0.420379745607	0.0113549993643	-0.0371312207458	0.397341660214	-0.0245120209521	0.502647326278	44.261	66.249	60.33
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精密化 TLSグループ

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30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 144:179 )	D	144 - 179
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 3:109 )	E	3 - 109
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 110:262 )	E	110 - 262
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 263:300 )	E	263 - 300
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN E AND RESID 301:505 )	E	301 - 505
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN F AND RESID 12:35 )	F	12 - 35
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN F AND RESID 36:125 )	F	36 - 125
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN F AND RESID 126:153 )	F	126 - 153
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN F AND RESID 154:179 )	F	154 - 179
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN G AND RESID 3:150 )	G	3 - 150
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN G AND RESID 151:283 )	G	151 - 283
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN G AND RESID 284:375 )	G	284 - 375
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN G AND RESID 376:505 )	G	376 - 505
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN H AND RESID 10:19 )	H	10 - 19
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN H AND RESID 20:35 )	H	20 - 35
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN H AND RESID 36:85 )	H	36 - 85
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN H AND RESID 86:125 )	H	86 - 125
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN H AND RESID 126:179 )	H	126 - 179

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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