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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kfk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Imine Reductase from Paenibacillus mucilaginosus | ||||||
要素 | 6-phosphogluconate dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Imine Reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paenibacillus mucilaginosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, K. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Imine Reductase from Paenibacillus mucilaginosus 著者: Wu, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kfk.cif.gz | 126.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kfk.ent.gz | 96.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/8kfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/8kfk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wxeC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33551.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus mucilaginosus (バクテリア) 遺伝子: B2K_07400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I0BDU9 #2: 化合物 | ChemComp-PEG / | #3: 化合物 | ChemComp-P4C / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate/Hydrochloric acid pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 42733 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.18 % / Biso Wilson estimate: 28.78 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 10.99 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 1977 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.281 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→28.21 Å / SU ML: 0.2716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7375 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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