PDB-8kbh: Structure of CbTad1 complexed with 2',3'-cGAMP and cA3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kbh

タイトル

Structure of CbTad1 complexed with 2',3'-cGAMP and cA3

要素

(2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE
(Thoeris anti-defense 1) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

: / Acb2/Tad1, hairpin domain / nucleotide binding / cGAMP / RNA / Thoeris anti-defense 1

機能・相同性情報

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Xiao, Y. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Single phage proteins sequester signals from TIR and cGAS-like enzymes.
著者: Li, D. / Xiao, Y. / Fedorova, I. / Xiong, W. / Wang, Y. / Liu, X. / Huiting, E. / Ren, J. / Gao, Z. / Zhao, X. / Cao, X. / Zhang, Y. / Bondy-Denomy, J. / Feng, Y.

履歴

登録	2023年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年12月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / reflns_shell Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kbh.cif.gz	287.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kbh.ent.gz	229.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/8kbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/8kbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8kbbC 8kbcC 8kbdC 8kbeC 8kbfC 8kbgC 8kbiC 8kbjC 8kbkC 8kblC 8kbmC 8wjcC 8wjdC 8wjeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Thoeris anti-defense 1

E: Thoeris anti-defense 1

F: Thoeris anti-defense 1

G: Thoeris anti-defense 1

H: Thoeris anti-defense 1

I: Thoeris anti-defense 1

A: Thoeris anti-defense 1

B: Thoeris anti-defense 1

C: Thoeris anti-defense 1

J: (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE

K: (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE

L: (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE

ヘテロ分子

138 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Thoeris anti-defense 1

E: Thoeris anti-defense 1

F: Thoeris anti-defense 1

G: Thoeris anti-defense 1

H: Thoeris anti-defense 1

I: Thoeris anti-defense 1

J: (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE

K: (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
91.8 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Thoeris anti-defense 1

B: Thoeris anti-defense 1

C: Thoeris anti-defense 1

L: (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE

ヘテロ分子

A: Thoeris anti-defense 1

B: Thoeris anti-defense 1

C: Thoeris anti-defense 1

L: (2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.725, 81.244, 128.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-651- HOH
2	1	C-507- HOH
3	1	C-658- HOH

#1: タンパク質	Thoeris anti-defense 1 / cbTad1 分子量: 14341.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: tad1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DW58
#2: タンパク質	Thoeris anti-defense 1 / cbTad1 分子量: 14112.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: tad1, ACP51_06460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DW58
#3: RNA鎖	(2-ACETYL-5-METHYLANILINO)(2,6-DIBROMOPHENYL)ACETAMIDE 分子量: 942.660 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP 分子量: 674.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M PCTP pH 8.0, 60% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→35.13 Å / Num. obs: 205128 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.965 / R_merge(I) obs: 0.199 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.218 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 1251059
反射シェル	解像度: 1.54→1.58 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 1.14 / Num. measured all: 72068 / Num. unique obs: 15133 / CC_1/2: 0.28 / R_pim(I) all: 0.591 / Χ²: 0.58 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→35.12 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2602	10159	4.96 %
R_work	0.2308	-	-
obs	0.2323	204902	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→35.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9589	0	0	1600	11189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	13262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.712	1721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.56	0.3338	331	0.2997	6149	X-RAY DIFFRACTION	95
1.56-1.58	0.3141	369	0.3046	6415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.59	0.3253	313	0.3006	6535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.2881	296	0.2777	6477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.2951	341	0.27	6470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.3079	336	0.2586	6524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.3026	305	0.2579	6438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.2862	350	0.2485	6468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.73	0.2671	351	0.2412	6529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.299	339	0.2634	6481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.3163	336	0.2674	6418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.3247	293	0.2933	6533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2891	326	0.2565	6485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2907	370	0.252	6473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.2804	353	0.2465	6486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.2816	353	0.2384	6479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.03	0.2655	316	0.2452	6539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.294	316	0.2333	6445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.15	0.257	326	0.2212	6506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.22	0.246	343	0.2197	6469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.3	0.2622	321	0.2289	6563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.39	0.26	342	0.2247	6541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.5	0.2453	335	0.2267	6479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.63	0.2606	345	0.2258	6517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.2474	339	0.2166	6546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.01	0.2453	356	0.219	6484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.32	0.2536	349	0.2071	6512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.79	0.2108	382	0.1861	6526	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.78	0.1925	353	0.1783	6604	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-35.12	0.2392	374	0.2194	6652	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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