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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kbf | ||||||
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タイトル | Structure of CbTad1 complexed with 1',3'-cADPR and cA3 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | nucleotide binding / Chem-OJC / RNA / Thoeris anti-defense 1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Xiao, Y. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of CbTad1 complexed with 1',3'-cADPR and cA3 著者: Xiao, Y. / Feng, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kbf.cif.gz | 72.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kbf.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kbf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kbf_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kbf_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8kbf_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kbf_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/8kbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/8kbf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uawS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15862.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: tad1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DW58 #2: RNA鎖 | 分子量: 942.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Citrate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→35.8 Å / Num. obs: 15435 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 22 / Num. measured all: 617623 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.37 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.1 % / Rmerge(I) obs: 2.305 / Num. measured all: 45768 / Num. unique obs: 1113 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.363 / Rrim(I) all: 2.334 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7uaw 解像度: 2.31→35.8 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→35.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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