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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k9a | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DSR2-DSAD1 state 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / cryo-EM structure of a protein | ||||||
機能・相同性 | : / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotI 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Li, Z. / Li, X.Z. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Insights into the modulation of bacterial NADase activity by phage proteins. 著者: Hang Yin / Xuzichao Li / Xiaoshen Wang / Chendi Zhang / Jiaqi Gao / Guimei Yu / Qiuqiu He / Jie Yang / Xiang Liu / Yong Wei / Zhuang Li / Heng Zhang / 要旨: The Silent Information Regulator 2 (SIR2) protein is widely implicated in antiviral response by depleting the cellular metabolite NAD. The defense-associated sirtuin 2 (DSR2) effector, a SIR2 domain- ...The Silent Information Regulator 2 (SIR2) protein is widely implicated in antiviral response by depleting the cellular metabolite NAD. The defense-associated sirtuin 2 (DSR2) effector, a SIR2 domain-containing protein, protects bacteria from phage infection by depleting NAD, while an anti-DSR2 protein (DSR anti-defense 1, DSAD1) is employed by some phages to evade this host defense. The NADase activity of DSR2 is unleashed by recognizing the phage tail tube protein (TTP). However, the activation and inhibition mechanisms of DSR2 are unclear. Here, we determine the cryo-EM structures of DSR2 in multiple states. DSR2 is arranged as a dimer of dimers, which is facilitated by the tetramerization of SIR2 domains. Moreover, the DSR2 assembly is essential for activating the NADase function. The activator TTP binding would trigger the opening of the catalytic pocket and the decoupling of the N-terminal SIR2 domain from the C-terminal domain (CTD) of DSR2. Importantly, we further show that the activation mechanism is conserved among other SIR2-dependent anti-phage systems. Interestingly, the inhibitor DSAD1 mimics TTP to trap DSR2, thus occupying the TTP-binding pocket and inhibiting the NADase function. Together, our results provide molecular insights into the regulatory mechanism of SIR2-dependent NAD depletion in antiviral immunity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k9a.cif.gz | 822.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k9a.ent.gz | 679.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k9a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/8k9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/8k9a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36982MC 8k98C 8w56C 8wknC 8xknC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118635.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4122_2870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A162TTM4 #2: タンパク質 | 分子量: 13872.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yotI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q796A8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: cryo-EM structure of a protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 200000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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