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万見
- PDB-8k8d: Crystal structure of C/EBPbeta BZIP domain bound to a high affini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k8d
タイトルCrystal structure of C/EBPbeta BZIP domain bound to a high affinity DNA
要素
  • CCAAT/enhancer-binding protein beta
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / C/EBPbeta / bZIP / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


C/EBP complex / granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / CHOP-C/EBP complex / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency ...C/EBP complex / granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / CHOP-C/EBP complex / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / hepatocyte proliferation / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of osteoclast differentiation / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of interleukin-6 production / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of cell differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / Transcriptional Regulation by VENTX / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic placenta development / positive regulation of fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of osteoblast differentiation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / brown fat cell differentiation / negative regulation of T cell proliferation / ovarian follicle development / response to endoplasmic reticulum stress / acute-phase response / liver regeneration / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / neuron differentiation / chromatin DNA binding / kinase binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Min, J.R. / Chen, S.Z. / Liu, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for specific DNA sequence recognition by the transcription factor NFIL3.
著者: Chen, S. / Lei, M. / Liu, K. / Min, J.
履歴
登録2023年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCAAT/enhancer-binding protein beta
B: CCAAT/enhancer-binding protein beta
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2014
ポリマ－26,2014
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.668, 46.400, 98.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CCAAT/enhancer-binding protein beta


分子量: 9438.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEBPB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17676
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*G)-3')


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M Calcium chloride dihydrate,0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 20% v/v 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→32.14 Å / Num. obs: 13958 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 608 / CC1/2: 0.898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30.13 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2918 701 5.03 %
Rwork0.2359 --
obs0.2388 13944 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1143 487 0 58 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0282361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.845384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.370.32071440.27222590X-RAY DIFFRACTION99
2.37-2.610.35111370.282666X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.990.32021240.26572637X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.770.29321450.22442666X-RAY DIFFRACTION100
3.77-30.130.27131510.22192684X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6449-0.40530.3311.7863-2.04446.39-0.1336-0.04270.09090.1476-0.1977-0.0672-0.08570.72510.2160.41980.05480.01270.42330.00210.37570.07824.107652.2845
20.5821-0.3038-0.62981.4621.5873.3815-0.262-0.0157-0.19280.0945-0.29290.15420.0686-0.3860.44520.43010.085-0.01390.4150.01740.42380.0202-4.840251.6102
39.343-2.9932-2.3156.41163.74143.4376-0.24870.0671-0.83390.4721-0.22330.24960.0262-0.04010.45060.4120.10810.01820.30720.14740.39350.8739-0.192626.5147
47.7645-3.02171.64077.5911-2.45073.0686-0.3703-0.11590.95740.5032-0.0086-0.1946-0.2855-0.16320.35630.42990.09170.01620.3346-0.11060.3665-0.8363-0.161426.4751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 268:335)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 269:333)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:12)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:12)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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