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- PDB-8k89: Crystal structure of NFIL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k89
タイトルCrystal structure of NFIL3
要素Nuclear factor interleukin-3-regulated protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NFIL3 / bZIP / C/EBP-related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell differentiation / cellular response to interleukin-4 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian rhythm / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / immune response ...natural killer cell differentiation / cellular response to interleukin-4 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian rhythm / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Vertebrate interleukin-3 regulated transcription factor / Nuclear factor interleukin-3-regulated protein / : / : / Vertebrate interleukin-3 regulated transcription factor / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor interleukin-3-regulated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Min, J.R. / Chen, S.Z. / Liu, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for specific DNA sequence recognition by the transcription factor NFIL3.
著者: Chen, S. / Lei, M. / Liu, K. / Min, J.
履歴
登録2023年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor interleukin-3-regulated protein
B: Nuclear factor interleukin-3-regulated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9072
ポリマ－22,9072
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.116, 65.684, 85.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear factor interleukin-3-regulated protein / E4 promoter-binding protein 4 / Interleukin-3 promoter transcriptional activator / Interleukin-3- ...E4 promoter-binding protein 4 / Interleukin-3 promoter transcriptional activator / Interleukin-3-binding protein 1 / Transcriptional activator NF-IL3A


分子量: 11453.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFIL3, E4BP4, IL3BP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16649
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 1.4 M Sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35.75 Å / Num. obs: 12570 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Num. unique obs: 1967 / CC1/2: 0.749 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.52 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2889 609 4.87 %RANDOM
Rwork0.2352 ---
obs0.2378 12493 90.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1220 0 0 17 1237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9551637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.563165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.310.39231440.29442959X-RAY DIFFRACTION92
2.31-2.60.30371570.28552856X-RAY DIFFRACTION99
2.72-3.320.31461220.28952707X-RAY DIFFRACTION100
3.33-19.520.27081860.20583362X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.8452 Å / Origin y: 45.1132 Å / Origin z: 48.7933 Å
111213212223313233
T0.3561 Å20.0105 Å20.0046 Å2-0.3592 Å20.0401 Å2--0.365 Å2
L0.9733 °20.0216 °2-0.2003 °2-0.8741 °2-0.6918 °2--1.2526 °2
S0.0252 Å °0.2652 Å °0.0627 Å °-0.0568 Å °0.0287 Å °0.0798 Å °0.0008 Å °0.015 Å °0.0064 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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