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- PDB-8k8c: Crystal structure of C/EBPalpha BZIP domain bound to a high affin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k8c
タイトルCrystal structure of C/EBPalpha BZIP domain bound to a high affinity DNA
要素
  • CCAAT/enhancer-binding protein alpha
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / C/EBPalpha / DNA binding / bZIP / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hematopoietic stem cell proliferation / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / granulocyte differentiation / urea cycle / myeloid cell differentiation / positive regulation of macrophage activation ...negative regulation of hematopoietic stem cell proliferation / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / granulocyte differentiation / urea cycle / myeloid cell differentiation / positive regulation of macrophage activation / epithelial cell maturation / hematopoietic stem cell proliferation / STAT family protein binding / cellular response to lithium ion / interleukin-6-mediated signaling pathway / fat cell differentiation / lipid homeostasis / cellular response to organic cyclic compound / transcription by RNA polymerase I / inner ear development / macrophage differentiation / negative regulation of cell cycle / white fat cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / energy homeostasis / Notch signaling pathway / cholesterol metabolic process / liver development / generation of precursor metabolites and energy / mitochondrion organization / lung development / kinase binding / cytokine-mediated signaling pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Min, J.R. / Chen, S.Z. / Liu, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for specific DNA sequence recognition by the transcription factor NFIL3.
著者: Chen, S. / Lei, M. / Liu, K. / Min, J.
履歴
登録2023年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCAAT/enhancer-binding protein alpha
B: CCAAT/enhancer-binding protein alpha
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8076
ポリマ－22,6234
非ポリマー1842
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.382, 63.366, 128.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CCAAT/enhancer-binding protein alpha


分子量: 7341.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEBPA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49715
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3974.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 3965.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.015 M Calcium chloride dihydrate,0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→64.27 Å / Num. obs: 20836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / Num. unique obs: 2979 / CC1/2: 0.938

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→19.96 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 1986 9.61 %
Rwork0.2255 --
obs0.2308 20673 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1004 527 12 55 1598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0732250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.259398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.110.50431390.4971311X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.160.47341400.44361305X-RAY DIFFRACTION99
2.16-2.230.42741360.40081307X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.30.37161410.33141314X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.380.35551380.31031298X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.480.32871440.25561358X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.590.26721380.24021291X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.720.29741410.24521322X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.890.30661420.24351335X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.120.27411400.23681334X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.430.23521420.20451334X-RAY DIFFRACTION99
3.43-3.920.28351450.18781355X-RAY DIFFRACTION99
3.92-4.930.21381460.1781375X-RAY DIFFRACTION100
4.93-19.960.27271540.18871448X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19420.01220.56080.1833-0.50331.0803-0.19090.0847-0.18520.0317-0.0084-0.15510.0353-0.1833-0.0010.44440.06090.03360.32950.03870.37046.0155.620133.7934
20.15560.0629-0.37840.6074-0.90320.9392-0.11310.15720.17640.1844-0.1662-0.1538-0.27460.121-0.00060.46950.0259-0.02410.3656-0.00470.399-0.091913.595537.63
30.5465-0.27820.03551.81670.30012.0134-0.2884-0.05240.22550.0335-0.03460.19420.085-0.2185-0.00030.39120.00590.05870.42920.00080.42060.110614.690113.6178
41.1921-0.9712-0.40420.9404-0.19731.7618-0.0924-0.3242-0.18010.1185-0.04160.05760.03330.1633-0.00040.39160.00560.00380.4678-0.02640.38934.699416.980814.6827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 281:402)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 283:340)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:13)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:13)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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