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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k7i | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-((methylamino)methyl)pyrrolidine-3,4-diol | |||||||||
![]() | Alpha-galactosidase A | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-galactosidase / glycosidase / iminosugar | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / catalytic activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / lysosome / hydrolase activity / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, H.Y. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Cheng, W.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic Insights into Dibasic Iminosugars as pH-Selective Pharmacological Chaperones to Stabilize Human alpha-Galactosidase. 著者: Li, H.Y. / Lin, H.Y. / Chang, S.K. / Chiu, Y.T. / Hou, C.C. / Ko, T.P. / Huang, K.F. / Niu, D.M. / Cheng, W.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k7dC ![]() 8k7eC ![]() 8k7fC ![]() 8k7gC ![]() 8k7hC ![]() 8k7jC ![]() 8k7kC ![]() 8k7lC ![]() 1r47S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 734分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | 分子量: 176.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-P6G / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→30 Å / Num. obs: 57776 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 26.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Num. unique obs: 5223 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1R47 解像度: 2.12→29.51 Å / SU ML: 0.1806 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.1233 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→29.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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