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Yorodumi- PDB-8k7d: Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8k7d | |||||||||
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Title | Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol | |||||||||
Components | Alpha-galactosidase A | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha-galactosidase / glycosidase / iminosugar | |||||||||
Function / homology | Function and homology information glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / catalytic activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / lysosome / hydrolase activity / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.61 Å | |||||||||
Authors | Li, H.Y. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Cheng, W.C. | |||||||||
Funding support | Taiwan, 2items
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Citation | Journal: Jacs Au / Year: 2024 Title: Mechanistic Insights into Dibasic Iminosugars as pH-Selective Pharmacological Chaperones to Stabilize Human alpha-Galactosidase. Authors: Li, H.Y. / Lin, H.Y. / Chang, S.K. / Chiu, Y.T. / Hou, C.C. / Ko, T.P. / Huang, K.F. / Niu, D.M. / Cheng, W.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8k7d.cif.gz | 405.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8k7d.ent.gz | 274.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8k7d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8k7d_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8k7d_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 8k7d_validation.xml.gz | 33.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8k7d_validation.cif.gz | 48.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8k7eC 8k7fC 8k7gC 8k7hC 8k7iC 8k7jC 8k7kC 8k7lC 1r47S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.972869876563, 0.228561999138, 0.0358275847069), (0.225528532698, 0.902406295946, 0.367150865417), (0.051585697777, 0.365270159727, -0.929471154043)Vector: -88. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.972869876563, 0.228561999138, 0.0358275847069), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45394.543 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GLA / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P06280, alpha-galactosidase |
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-Sugars , 3 types, 6 molecules
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Sugar | |
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-Non-polymers , 3 types, 419 molecules
#5: Chemical | Mass: 162.187 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C6H14N2O3 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 100 mM NaOAc pH 4.5, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Mar 25, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.61→30 Å / Num. obs: 31820 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.61→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3102 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1R47 Resolution: 2.61→28.23 Å / SU ML: 0.2572 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.8716 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.61→28.23 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 2.1998576763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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