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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k7h | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R)-2-(hydroxymethyl)-1-methylpyrrolidine-3,4-diol | |||||||||
要素 | Alpha-galactosidase A | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-galactosidase / glycosidase / iminosugar | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / catalytic activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / lysosome / hydrolase activity / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, H.Y. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Cheng, W.C. | |||||||||
資金援助 | 台湾, 2件
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引用 | ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024 タイトル: Mechanistic Insights into Dibasic Iminosugars as pH-Selective Pharmacological Chaperones to Stabilize Human alpha-Galactosidase. 著者: Li, H.Y. / Lin, H.Y. / Chang, S.K. / Chiu, Y.T. / Hou, C.C. / Ko, T.P. / Huang, K.F. / Niu, D.M. / Cheng, W.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k7h.cif.gz | 421.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k7h.ent.gz | 285.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k7h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k7h_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k7h_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k7h_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k7h_validation.cif.gz | 52 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k7dC 8k7eC 8k7fC 8k7gC 8k7iC 8k7jC 8k7kC 8k7lC 1r47S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.975231035545, 0.217691585345, 0.0391765360797), (0.217050516547, 0.907755019923, 0.358984535979), (0.0425852154621, 0.35859614816, -0.932520939148)ベクター: -88. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.975231035545, 0.217691585345, 0.0391765360797), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase |
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-糖 , 3種, 6分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 544分子
#5: 化合物 | 分子量: 147.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 47648 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 30.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.867 / Num. unique obs: 4650 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R47 解像度: 2.28→29.63 Å / SU ML: 0.2573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8902 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.63 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.17418734545 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -43.1078374935 Å / Origin y: 21.4739806166 Å / Origin z: -22.3569636398 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |