PDB-8k7g: Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k7g

タイトル

Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R,5R)-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol

要素

Alpha-galactosidase A

キーワード

HYDROLASE / alpha-galactosidase / glycosidase / iminosugar

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosylceramide catabolic process / negative regulation of nitric-oxide synthase activity / alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide metabolic process / glycoside catabolic process / galactoside binding / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Li, H.Y. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Cheng, W.C.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Insights into Dibasic Iminosugars as pH-Selective Pharmacological Chaperones to Stabilize Human alpha-Galactosidase.
著者: Li, H.Y. / Lin, H.Y. / Chang, S.K. / Chiu, Y.T. / Hou, C.C. / Ko, T.P. / Huang, K.F. / Niu, D.M. / Cheng, W.C.

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k7g.cif.gz	406.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k7g.ent.gz	275.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8k7g_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k7g_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8k7g_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	8k7g_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8k7dC 8k7eC 8k7fC 8k7hC 8k7iC 8k7jC 8k7kC 8k7lC 1r47S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-galactosidase A

B: Alpha-galactosidase A

ヘテロ分子

93.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.642, 90.642, 216.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 32 through 421 or resid 693 or resid 716 through 800))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 32 through 421 or resid 692 or resid 715 through 800))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LEU	LEU	MET	MET	A	A	32 - 421	1 - 390
d_1	2	NAG	NAG	NAG	NAG	C	C	2
d_1	3	NAG	NAG	NAG	NAG	D	D	2
d_1	4	VMF	VMF	VMF	VMF	A	G	502
d_2	1	LEU	LEU	MET	MET	B	B	32 - 421	1 - 390
d_2	2	NAG	NAG	NAG	NAG	E	E	1
d_2	3	NAG	NAG	NAG	NAG	B	J	501
d_2	4	VMF	VMF	VMF	VMF	B	K	502

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.970466495122, -0.238694560571, -0.0349240404097), (-0.233761817926, 0.894734459974, 0.380533386991), (-0.0595835071543, 0.377458809526, -0.924107489845)ベクター: ...

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Alpha-galactosidase A / Alpha-D-galactosidase A / Alpha-D-galactoside galactohydrolase / ...Alpha-D-galactosidase A / Alpha-D-galactoside galactohydrolase / Galactosylgalactosylglucosylceramidase GLA / Melibiase 分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase

#1: タンパク質

Alpha-galactosidase A / Alpha-D-galactosidase A / Alpha-D-galactoside galactohydrolase / ...

分子量: 45394.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLA / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06280, alpha-galactosidase

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 547分子

#5: 化合物	ChemComp-VMF / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol 分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→30 Å / Num. obs: 45211 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / R_merge(I) obs: 0.594 / Num. unique obs: 4380

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1R47

1r47

解像度: 2.32→29.67 Å / SU ML: 0.2447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7109
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	3677	4.83 %
R_work	0.1659	72476	-
obs	0.1684	41311	89.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6261	0	198	550	7009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	6629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9366	9004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4535	2426

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.954440300978 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.35	0.3362	61	0.2434	1195	X-RAY DIFFRACTION	39.66
2.35-2.39	0.2663	64	0.239	1404	X-RAY DIFFRACTION	43.01
2.39-2.42	0.2786	74	0.2163	1487	X-RAY DIFFRACTION	49.13
2.42-2.46	0.2981	82	0.2074	1729	X-RAY DIFFRACTION	54.17
2.46-2.49	0.2433	112	0.2199	2056	X-RAY DIFFRACTION	66.08
2.49-2.54	0.2681	122	0.2106	2477	X-RAY DIFFRACTION	79.21
2.54-2.58	0.2966	149	0.2222	2846	X-RAY DIFFRACTION	89.81
2.58-2.63	0.2764	147	0.2157	2936	X-RAY DIFFRACTION	95.6
2.63-2.68	0.2852	164	0.2108	3099	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.68-2.73	0.2447	156	0.1982	3151	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.73-2.79	0.2269	157	0.2019	3146	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.79-2.85	0.2743	160	0.1925	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.86-2.93	0.2184	164	0.1776	3163	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.93-3.01	0.2322	164	0.1785	3099	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.01-3.09	0.1868	164	0.1769	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.09-3.19	0.2392	157	0.1732	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.19-3.31	0.238	162	0.1616	3116	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.31-3.44	0.228	157	0.1476	3169	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.44-3.6	0.1766	148	0.1411	3110	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.6-3.79	0.1863	154	0.1378	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.02	0.175	162	0.1329	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.33	0.1608	158	0.1237	3157	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.33-4.77	0.1745	166	0.1234	3139	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.77-5.45	0.1858	154	0.1527	3118	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.45-6.86	0.2277	160	0.1855	3135	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.86-29.67	0.2738	159	0.1926	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.234931241243	0.0971877140245	-0.051601092317	0.071043440944	0.0616172763964	0.107992888677	0.0521937684608	0.0273248045092	-0.134595499883	0.0636500807937	-0.0514435520548	0.135639949754	0.103323241696	-0.17181343977	2.35542851003E-5	0.228039259501	-0.0258840641511	-0.016880391758	0.302900863824	-0.00271671110846	0.257379301871	26.5220650396	-31.5549056399	-5.04476544712
2	0.0380587031955	0.0175699705458	-0.00929116515326	0.030857307046	0.0243746036876	0.0146872293215	0.0396511382406	-0.0636780900684	-0.0780914924742	0.102602801003	-0.124907881982	0.117782731868	0.124676224363	-0.361347895931	-3.24147367885E-5	0.211033419025	-0.0364198164684	0.0126967766025	0.352865667675	-0.00093085012556	0.26972178814	15.7426875022	-32.4876002847	-1.98159434345
3	0.0878447367502	0.0611654110411	0.0623154749756	0.0491571376644	0.076099907812	0.13469244659	0.0648716068819	-0.239502969498	0.24063173823	0.0717851071773	-0.198518262815	0.190876310871	-0.139774284001	-0.407579416584	-0.00480000266461	0.26385782764	0.0143520215459	0.0584527577762	0.336383758361	-0.0349429384318	0.350680880407	21.1852245548	-18.2790683579	7.54825504463
4	0.125490284244	0.0699438035101	0.0285681044384	0.0489419463642	0.0223273480509	0.0525447318358	0.069607745173	0.00473560750043	0.0577769129209	0.0675636560781	-0.0493035326936	-0.0596361929608	-0.00137981001829	-0.0903448417975	-4.93434611959E-5	0.215282606559	0.00651065417833	0.00436340012672	0.176936500737	-4.3427543267E-5	0.198235198609	40.7813589935	-20.7977559044	2.94490473707
5	0.0426409397435	0.0378691985775	0.0105015972687	0.0472932886656	-0.0205876735101	0.0185005863794	0.0370405375938	0.0190461722655	-0.105095153528	0.0717713776767	-0.0212757652616	-0.00416893206293	0.0494226996395	0.0182039548415	1.50687452875E-5	0.19949786282	0.0305732222967	0.00263255823219	0.223244663124	-0.0102636806076	0.187133931292	41.0028589707	-34.4878279296	-3.37537713537
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14	0.0563174415205	0.0175335002738	-0.00853588431534	0.0406858904919	-0.0193455798427	0.0216080207813	0.0621125367367	0.0877394556273	-0.170171820246	-0.154340613398	-0.024450097314	0.116755928995	0.0932568386752	-0.270565616319	-0.00112188931067	0.301191290615	-0.0173342288658	-0.0466377868013	0.327500584256	0.0313448842011	0.214535886589	35.3330735865	-27.2858925711	-37.4740232186

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 32 through 100 )	A	A	32 - 100	1 - 69
2	2	chain 'A' and (resid 101 through 136 )	A	A	101 - 136	70 - 105
3	3	chain 'A' and (resid 137 through 215 )	A	A	137 - 215	106 - 184
4	4	chain 'A' and (resid 216 through 289 )	A	A	216 - 289	185 - 258
5	5	chain 'A' and (resid 290 through 320 )	A	A	290 - 320	259 - 289
6	6	chain 'A' and (resid 321 through 388 )	A	A	321 - 388	290 - 357
7	7	chain 'A' and (resid 389 through 421 )	A	A	389 - 421	358 - 390
8	8	chain 'B' and (resid 32 through 136 )	B	J	32 - 136	1 - 105
9	9	chain 'B' and (resid 137 through 176 )	B	J	137 - 176	106 - 145
10	10	chain 'B' and (resid 177 through 215 )	B	J	177 - 215	146 - 184
11	11	chain 'B' and (resid 216 through 289 )	B	J	216 - 289	185 - 258
12	12	chain 'B' and (resid 290 through 320 )	B	J	290 - 320	259 - 289
13	13	chain 'B' and (resid 321 through 388 )	B	J	321 - 388	290 - 357
14	14	chain 'B' and (resid 389 through 423 )	B	J	389 - 423	358 - 392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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