PDB-8k4z: Crystal structure of human MMP-7 in complex with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k4z

タイトル

Crystal structure of human MMP-7 in complex with inhibitor

要素

Inhibitor
MatrilysinMMP7

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Matrilysin /

Matrin /

Matrix metalloproteinase-7 (マトリックスメタロプロテアーゼ) / Pump-1 protease / Uterine metalloproteinase

機能・相同性

機能・相同性情報

matrilysin / antibacterial peptide secretion / antibacterial peptide biosynthetic process /

membrane protein intracellular domain proteolysis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases /

membrane protein ectodomain proteolysis / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kamitani, M. / Mima, M. / Oka, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of TP0628103: A Selective MMP-7 Inhibitor Based on the Mitigation of OATP Substrate Recognition through Isoelectric Point Shift Strategy
著者: Oka, Y. / Abe-Sato, K. / Tabuse, H. / Yasukawa, Y. / Yahara, T. / Nishimoto, T. / Kamitani, M. / Fukunaga, T. / Ochiai, N. / Kumasaka-Abe, T. / Hitaka, K. / Gunji, E. / Ohara, H. / Takeda, T. ...

履歴

登録	2023年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k4z.cif.gz	55 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k4z.ent.gz	34.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/8k4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/8k4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (15) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Matrilysin

B: Inhibitor

ヘテロ分子

20.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.799, 75.799, 60.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Matrilysin / MMP7 / Matrin / Matrix metalloproteinase-7 / MMP-7 / Pump-1 protease / Uterine metalloproteinase 分子量: 19344.727 Da / 分子数: 1 / 変異: E215Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP7, MPSL1, PUMP1 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09237, matrilysin
#2: タンパク質・ペプチド	Inhibitor 分子量: 827.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Matrilysin /

MMP7 / Matrin / Matrix metalloproteinase-7 / MMP-7 / Pump-1 protease / Uterine metalloproteinase

分子量: 19344.727 Da / 分子数: 1 / 変異: E215Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP7, MPSL1, PUMP1 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09237,

matrilysin

#2: タンパク質・ペプチド

Inhibitor

分子量: 827.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 69分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 100mM Bis-Tris propane pH7.5, 200mM Sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→53.6 Å / Num. obs: 18920 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / Num. unique obs: 2753 / CC_1/2: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→53.598 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.896 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2392	913	4.827 %
R_work	0.203	18003	-
all	0.205	-	-
obs	-	18916	99.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.838 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.469 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.469 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.939 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→53.598 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1340	0	6	63	1409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.702	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.352	1.624	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.892	5	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.937	21.642	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.236	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.558	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.124	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.52	1.807	654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.52	1.803	653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.47	2.694	814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.468	2.7	815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.886	2.058	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.888	2.058	724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.14	2.989	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.141	2.989	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.948	33.82	6457
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.937	33.799	6429

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.32	83	0.312	1297	0.313	1380	0.679	0.685	100	0.285
1.744-1.792	0.285	57	0.302	1312	0.301	1369	0.548	0.544	100	0.269
1.792-1.844	0.337	77	0.3	1228	0.303	1309	0.495	0.524	99.6944	0.268
1.844-1.9	0.317	61	0.273	1228	0.274	1293	0.627	0.705	99.6906	0.234
1.9-1.963	0.237	45	0.246	1171	0.246	1216	0.785	0.772	100	0.212
1.963-2.031	0.281	60	0.219	1156	0.222	1216	0.842	0.849	100	0.186
2.031-2.108	0.261	50	0.201	1115	0.204	1165	0.849	0.892	100	0.175
2.108-2.194	0.233	42	0.195	1091	0.196	1133	0.921	0.904	100	0.165
2.194-2.291	0.196	75	0.19	984	0.191	1063	0.919	0.913	99.6237	0.158
2.291-2.403	0.264	52	0.183	962	0.187	1014	0.902	0.929	100	0.156
2.403-2.533	0.218	55	0.193	932	0.194	987	0.92	0.926	100	0.169
2.533-2.686	0.235	44	0.178	899	0.181	943	0.905	0.939	100	0.164
2.686-2.871	0.217	41	0.184	806	0.186	850	0.931	0.939	99.6471	0.166
2.871-3.1	0.205	34	0.172	789	0.173	823	0.943	0.952	100	0.162
3.1-3.395	0.209	18	0.183	720	0.184	738	0.94	0.948	100	0.173
3.395-3.794	0.235	34	0.164	647	0.168	681	0.942	0.957	100	0.157
3.794-4.377	0.197	37	0.166	569	0.168	607	0.958	0.959	99.8353	0.163
4.377-5.352	0.201	20	0.168	484	0.169	504	0.967	0.966	100	0.168
5.352-7.531	0.196	18	0.169	390	0.171	408	0.94	0.954	100	0.166
7.531-53.598	0.276	10	0.217	223	0.22	233	0.903	0.951	100	0.22

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 69分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 69分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 69分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)