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万見
- PDB-8k4q: Crystal structure of nanobody HuNb103 bound to human interleukin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k4q
タイトルCrystal structure of nanobody HuNb103 bound to human interleukin-4 receptor subunit alpha
要素
  • IL-4R nanobody HuNb103
  • Interleukin-4 receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE / antibody / complex / IL-4R / IL-4 / IL-13
機能・相同性
機能・相同性情報


production of molecular mediator involved in inflammatory response / cytokine receptor activity / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-4 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Ding, Y. / Zhong, P.Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32070939 中国
National Science Foundation (NSF, China)82030106 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA0805200 中国
引用ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2024
タイトル: A Novel Inhalable Nanobody Targeting IL-4R alpha for the Treatment of Asthma.
著者: Zhu, M. / Ma, L. / Zhong, P. / Huang, J. / Gai, J. / Li, G. / Li, Y. / Qiao, P. / Gu, H. / Li, X. / Yin, Y. / Zhang, L. / Deng, Z. / Sun, B. / Chen, Z. / Ding, Y. / Wan, Y.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-4 receptor subunit alpha
B: IL-4R nanobody HuNb103
C: Interleukin-4 receptor subunit alpha
D: IL-4R nanobody HuNb103
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,23312
ポリマ－75,3264
非ポリマー2,9078
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry, mass spectrometry, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.870, 109.598, 64.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 141分子 ACBD

#1: タンパク質 Interleukin-4 receptor subunit alpha


分子量: 24606.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q53EP8
#2: 抗体 IL-4R nanobody HuNb103


分子量: 13056.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 3種, 8分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Reservoir condition: 0.1M HEPES pH 7.0, 20% PEG8000. Sample buffer: 25mM HEPES pH 7.49, 150mM NaCl. Cryoprotectant condition: 0.1M HEPES pH 7.0, 20% PEG8000, 15% ethylene glycol.
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→109.6 Å / Num. obs: 24709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 161738
反射 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.158 / Num. measured all: 11813 / Num. unique obs: 1843 / CC1/2: 0.412 / Rpim(I) all: 0.925 / Rrim(I) all: 2.351 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→57.3 Å / SU B: 32.922 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.896 / ESU R Free: 0.35 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27987 1186 4.8 %RANDOM
Rwork0.22211 ---
obs0.2249 23495 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.526 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å2-0 Å21.35 Å2
2---4.38 Å2-0 Å2
3---2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→57.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4981 0 190 137 5308
LS精密化 シェル最高解像度: 2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3574 --
Rwork0.3621 --
obs-2444 99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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