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万見
- PDB-8k3c: Nipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k3c
タイトルNipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment
要素
  • Glycoprotein G
  • Heavy chain of 41-6 Fab fragments
  • Light chain of 41-6 Fab fragment
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Nipah virus / Attachment glycoprotein / tetramer complex / Neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Henipavirus nipahense (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Sun, M.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB0490000 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Potent human neutralizing antibodies against Nipah virus derived from two ancestral antibody heavy chains.
著者: Li Chen / Mengmeng Sun / Huajun Zhang / Xinghai Zhang / Yanfeng Yao / Ming Li / Kangyin Li / Pengfei Fan / Haiwei Zhang / Ye Qin / Zhe Zhang / Entao Li / Zhen Chen / Wuxiang Guan / Shanshan ...著者: Li Chen / Mengmeng Sun / Huajun Zhang / Xinghai Zhang / Yanfeng Yao / Ming Li / Kangyin Li / Pengfei Fan / Haiwei Zhang / Ye Qin / Zhe Zhang / Entao Li / Zhen Chen / Wuxiang Guan / Shanshan Li / Changming Yu / Kaiming Zhang / Rui Gong / Sandra Chiu /
要旨: Nipah virus (NiV) is a World Health Organization priority pathogen and there are currently no approved drugs for clinical immunotherapy. Through the use of a naïve human phage-displayed Fab library, ...Nipah virus (NiV) is a World Health Organization priority pathogen and there are currently no approved drugs for clinical immunotherapy. Through the use of a naïve human phage-displayed Fab library, two neutralizing antibodies (NiV41 and NiV42) targeting the NiV receptor binding protein (RBP) were identified. Following affinity maturation, antibodies derived from NiV41 display cross-reactivity against both NiV and Hendra virus (HeV), whereas the antibody based on NiV42 is only specific to NiV. Results of immunogenetic analysis reveal a correlation between the maturation of antibodies and their antiviral activity. In vivo testing of NiV41 and its mature form (41-6) show protective efficacy against a lethal NiV challenge in hamsters. Furthermore, a 2.88 Å Cryo-EM structure of the tetrameric RBP and antibody complex demonstrates that 41-6 blocks the receptor binding interface. These findings can be beneficial for the development of antiviral drugs and the design of vaccines with broad spectrum against henipaviruses.
履歴
登録2023年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Light chain of 41-6 Fab fragment
C: Heavy chain of 41-6 Fab fragments
A: Glycoprotein G
B: Glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,0394
ポリマ－154,0394
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Light chain of 41-6 Fab fragment


分子量: 22844.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151
#2: 抗体 Heavy chain of 41-6 Fab fragments


分子量: 25312.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151
#3: タンパク質 Glycoprotein G


分子量: 52941.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH62
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41-6 Fab fragment
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Henipavirus nipahense (ウイルス)3052225
21Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9103
画像スキャン横: 4092 / 縦: 5760

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解析

CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 879898
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299497 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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