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万見
- EMDB-36849: Nipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36849
タイトルNipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41-6 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 41-6 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 41-6 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
キーワードNipah virus / Attachment glycoprotein / tetramer complex (四量体) / Neutralizing antibody (中和抗体) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Sun MM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB0490000 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Potent human neutralizing antibodies against Nipah virus derived from two ancestral antibody heavy chains.
著者: Li Chen / Mengmeng Sun / Huajun Zhang / Xinghai Zhang / Yanfeng Yao / Ming Li / Kangyin Li / Pengfei Fan / Haiwei Zhang / Ye Qin / Zhe Zhang / Entao Li / Zhen Chen / Wuxiang Guan / Shanshan ...著者: Li Chen / Mengmeng Sun / Huajun Zhang / Xinghai Zhang / Yanfeng Yao / Ming Li / Kangyin Li / Pengfei Fan / Haiwei Zhang / Ye Qin / Zhe Zhang / Entao Li / Zhen Chen / Wuxiang Guan / Shanshan Li / Changming Yu / Kaiming Zhang / Rui Gong / Sandra Chiu /
要旨: Nipah virus (NiV) is a World Health Organization priority pathogen and there are currently no approved drugs for clinical immunotherapy. Through the use of a naïve human phage-displayed Fab library, ...Nipah virus (NiV) is a World Health Organization priority pathogen and there are currently no approved drugs for clinical immunotherapy. Through the use of a naïve human phage-displayed Fab library, two neutralizing antibodies (NiV41 and NiV42) targeting the NiV receptor binding protein (RBP) were identified. Following affinity maturation, antibodies derived from NiV41 display cross-reactivity against both NiV and Hendra virus (HeV), whereas the antibody based on NiV42 is only specific to NiV. Results of immunogenetic analysis reveal a correlation between the maturation of antibodies and their antiviral activity. In vivo testing of NiV41 and its mature form (41-6) show protective efficacy against a lethal NiV challenge in hamsters. Furthermore, a 2.88 Å Cryo-EM structure of the tetrameric RBP and antibody complex demonstrates that 41-6 blocks the receptor binding interface. These findings can be beneficial for the development of antiviral drugs and the design of vaccines with broad spectrum against henipaviruses.
履歴
登録2023年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-1.7599602 - 2.282065
平均 (標準偏差)0.0000062933864 (±0.031134028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36849_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36849_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41...

全体名称: Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41-6 Fab fragment
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41-6 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 41-6 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 41-6 Fab fragments
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G

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超分子 #1: Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41...

超分子名称: Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41-6 Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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分子 #1: Light chain of 41-6 Fab fragment

分子名称: Light chain of 41-6 Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.844219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QSVVTQPPSV SAAPGQKVTI SCSGSSSNIG TNHLSWYQQV PGTAPKLLIY DNNKRPSGIP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC ATWDDSLHAW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVVTQPPSV SAAPGQKVTI SCSGSSSNIG TNHLSWYQQV PGTAPKLLIY DNNKRPSGIP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC ATWDDSLHAW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #2: Heavy chain of 41-6 Fab fragments

分子名称: Heavy chain of 41-6 Fab fragments / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.312264 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVQLVQSGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTVS SNYMSWVRQA PGKGLEWVSA ISGSGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD REDIVVVPAP RGYYYYYYMD VWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
EVQLVQSGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTVS SNYMSWVRQA PGKGLEWVSA ISGSGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD REDIVVVPAP RGYYYYYYMD VWGQGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTS

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分子 #3: Glycoprotein G

分子名称: Glycoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 52.941188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ISQSTASINE NVNEKCKFTL PPLKIHECNI SCPNPLPFRE YRPQTEGVSN LVGLPNNICL QKTSNQILKP KLISYTLPVV GQSGTCITD PLLAMDEGYF AYSHLERIGS CSRGVSKQRI IGVGEVLDRG DEVPSLFMTN VWTPPNPNTV YHCSAVYNNE F YYVLCAVS ...文字列:
ISQSTASINE NVNEKCKFTL PPLKIHECNI SCPNPLPFRE YRPQTEGVSN LVGLPNNICL QKTSNQILKP KLISYTLPVV GQSGTCITD PLLAMDEGYF AYSHLERIGS CSRGVSKQRI IGVGEVLDRG DEVPSLFMTN VWTPPNPNTV YHCSAVYNNE F YYVLCAVS TVGDPILNST YWSGSLMMTR LAVKPKSNGG GYNQHQLALR SIEKGRYDKV MPYGPSGIKQ GDTLYFPAVG FL VRTEFKY NDSNCPITKC QYSKPENCRL SMGIRPNSHY ILRSGLLKYN LSDGENPKVV FIEISDQRLS IGSPSKIYDS LGQ PVFYQA SFSWDTMIKF GDVLTVNPLV VNWRNNTVIS RPGQSQCPRF NTCPEICWEG VYNDAFLIDR INWISAGVFL DSNQ TAENP VFTVFKDNEI LYRAQLASED TNAQKTITNC FLLKNKIWCI SLVEIYDTGD NVIRPKLFAV KIPEQC

UniProtKB: Glycoprotein G

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.16 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 実像数: 9103 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 879898
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7txz

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 299497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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