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- PDB-8k2w: Structure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k2w
タイトルStructure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487
要素
  • Nb6
  • Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor / chemokine receptor / CXCR3 / AMG487 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / chemokine binding / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity ...response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / chemokine binding / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of dopamine secretion / positive regulation of chemotaxis / sensory perception / C-C chemokine receptor activity / T cell chemotaxis / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / maternal behavior / receptor serine/threonine kinase binding / C-C chemokine binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / Chemokine receptors bind chemokines / eating behavior / negative regulation of endothelial cell proliferation / conditioned place preference / positive regulation of execution phase of apoptosis / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / regulation of cell adhesion / behavioral response to cocaine / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of angiogenesis / sarcoplasmic reticulum / cell chemotaxis / response to nicotine / locomotory behavior / cellular response to glucose stimulus / calcium-mediated signaling / electron transport chain / response to insulin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to estrogen / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / synaptic vesicle membrane / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / presynaptic membrane / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to ethanol / angiogenesis / perikaryon / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / defense response to virus / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / heme binding / dendrite / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 3 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...CXC chemokine receptor 3 / Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-FI6 / [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Soluble cytochrome b562 / Kappa-type opioid receptor / C-X-C chemokine receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jiao, H.Z. / Hu, H.L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100963 中国
Other privateGanghong Young Scholar Development Fund
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structure basis for the modulation of CXC chemokine receptor 3 by antagonist AMG487.
著者: Haizhan Jiao / Bin Pang / Ying-Chih Chiang / Qiang Chen / Qi Pan / Ruobing Ren / Hongli Hu /
履歴
登録2023年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年11月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: Nb6
R: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2396
ポリマ－74,9932
非ポリマー2,2464
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 NR

#1: 抗体 Nb6


分子量: 18665.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor / Cytochrome b-562 / K-OR-1 / KOR-1


分子量: 56327.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, CXCR3, OPRK1, OPRK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P49682, UniProt: P41145

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非ポリマー , 4種, 4分子

#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE


分子量: 787.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-LPC / [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE


分子量: 468.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H47NO7P
#6: 化合物 ChemComp-FI6 / N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide / (+/-)-AMG 487


分子量: 603.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H28F3N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 51.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 834686 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033212
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5784365
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.372553
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.039507
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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