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- PDB-8jxr: Structure of nanobody-bound DRD1_LSD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jxr
タイトルStructure of nanobody-bound DRD1_LSD complex
要素
  • D(1A) dopamine receptor
  • Fab 8D3 heavy chain
  • Fab 8D3 light chain
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
  • NBA3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / DRD1 / LSD
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / dopamine binding / operant conditioning / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein binding / peristalsis ...dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / dopamine binding / operant conditioning / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein binding / peristalsis / G protein-coupled receptor complex / modification of postsynaptic structure / positive regulation of neuron migration / habituation / grooming behavior / regulation of dopamine metabolic process / astrocyte development / : / striatum development / dentate gyrus development / positive regulation of potassium ion transport / sensitization / conditioned taste aversion / maternal behavior / arrestin family protein binding / non-motile cilium / IgG binding / adult walking behavior / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / mating behavior / long-term synaptic depression / : / ciliary membrane / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / temperature homeostasis / dopamine metabolic process / carbohydrate transport / transmission of nerve impulse / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / G-protein alpha-subunit binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / behavioral fear response / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / neuronal action potential / behavioral response to cocaine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synapse assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to amphetamine / cell chemotaxis / synaptic transmission, glutamatergic / visual learning / GABA-ergic synapse / vasodilation / G protein-coupled receptor activity / memory / protein import into nucleus / long-term synaptic potentiation / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / outer membrane-bounded periplasmic space / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / dendritic spine / periplasmic space / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic membrane / cilium / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain ...Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-7LD / Immunoglobulin G-binding protein G / Immunoglobulin G-binding protein A / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / D(1A) dopamine receptor / Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Zhuang, Y. / Xu, Y. / Fan, L. / Wang, S. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2024
タイトル: Structural basis of psychedelic LSD recognition at dopamine D receptor.
著者: Luyu Fan / Youwen Zhuang / Hongyu Wu / Huiqiong Li / Youwei Xu / Yue Wang / Licong He / Shishan Wang / Zhangcheng Chen / Jianjun Cheng / H Eric Xu / Sheng Wang /
要旨: Understanding the kinetics of LSD in receptors and subsequent induced signaling is crucial for comprehending both the psychoactive and therapeutic effects of LSD. Despite extensive research on LSD's ...Understanding the kinetics of LSD in receptors and subsequent induced signaling is crucial for comprehending both the psychoactive and therapeutic effects of LSD. Despite extensive research on LSD's interactions with serotonin 2A and 2B receptors, its behavior on other targets, including dopamine receptors, has remained elusive. Here, we present cryo-EM structures of LSD/PF6142-bound dopamine D receptor (DRD1)-legobody complexes, accompanied by a β-arrestin-mimicking nanobody, NBA3, shedding light on the determinants of G protein coupling versus β-arrestin coupling. Structural analysis unveils a distinctive binding mode of LSD in DRD1, particularly with the ergoline moiety oriented toward TM4. Kinetic investigations uncover an exceptionally rapid dissociation rate of LSD in DRD1, attributed to the flexibility of extracellular loop 2 (ECL2). Moreover, G protein can stabilize ECL2 conformation, leading to a significant slowdown in ligand's dissociation rate. These findings establish a solid foundation for further exploration of G protein-coupled receptor (GPCR) dynamics and their relevance to signal transduction.
履歴
登録2023年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin ...citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D(1A) dopamine receptor
B: NBA3
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
H: Fab 8D3 heavy chain
L: Fab 8D3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,6377
ポリマ－166,9725
非ポリマー6662
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 BCHL

#2: 抗体 NBA3


分子量: 13493.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA / IgG-binding protein G


分子量: 60575.715 Da / 分子数: 1 / 変異: E360Q,K363A,D364F,T367I,R368L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: reference: 7RXC
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 ...由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, spa, spa, SAV0111, spg
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P38507, UniProt: P0A015, UniProt: P06654
#4: 抗体 Fab 8D3 heavy chain


分子量: 27396.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: 抗体 Fab 8D3 light chain


分子量: 26317.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 3分子 A

#1: タンパク質 D(1A) dopamine receptor / Dopamine D1 receptor / DRD1


分子量: 39187.793 Da / 分子数: 1 / 変異: L112W,S325A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DRD1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21728
#6: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 化合物 ChemComp-7LD / (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide / Lysergic acid diethylamide


分子量: 323.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1nanobody-bound DRD1_LSD complexCOMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2DRD1COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3PrAC-PrAD-PrGCOMPLEX#31RECOMBINANT
4Fab 8D3COMPLEX#4-#51RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)83334
43Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280
54Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175144 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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