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Structure paper

タイトルStructural basis of psychedelic LSD recognition at dopamine D receptor.
ジャーナル・号・ページNeuron, Vol. 112, Issue 19, Page 3295-33310.e8, Year 2024
掲載日2024年10月9日
著者Luyu Fan / Youwen Zhuang / Hongyu Wu / Huiqiong Li / Youwei Xu / Yue Wang / Licong He / Shishan Wang / Zhangcheng Chen / Jianjun Cheng / H Eric Xu / Sheng Wang /
PubMed 要旨Understanding the kinetics of LSD in receptors and subsequent induced signaling is crucial for comprehending both the psychoactive and therapeutic effects of LSD. Despite extensive research on LSD's ...Understanding the kinetics of LSD in receptors and subsequent induced signaling is crucial for comprehending both the psychoactive and therapeutic effects of LSD. Despite extensive research on LSD's interactions with serotonin 2A and 2B receptors, its behavior on other targets, including dopamine receptors, has remained elusive. Here, we present cryo-EM structures of LSD/PF6142-bound dopamine D receptor (DRD1)-legobody complexes, accompanied by a β-arrestin-mimicking nanobody, NBA3, shedding light on the determinants of G protein coupling versus β-arrestin coupling. Structural analysis unveils a distinctive binding mode of LSD in DRD1, particularly with the ergoline moiety oriented toward TM4. Kinetic investigations uncover an exceptionally rapid dissociation rate of LSD in DRD1, attributed to the flexibility of extracellular loop 2 (ECL2). Moreover, G protein can stabilize ECL2 conformation, leading to a significant slowdown in ligand's dissociation rate. These findings establish a solid foundation for further exploration of G protein-coupled receptor (GPCR) dynamics and their relevance to signal transduction.
リンクNeuron / PubMed:39094559
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.57 Å
構造データ

36710

8jxr

EMDB-36710, PDB-8jxr:
Structure of nanobody-bound DRD1_LSD complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

36711

8jxs

EMDB-36711, PDB-8jxs:
Structure of nanobody-bound DRD1_PF-6142 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-7LD:
(8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide


化合物 画像なし

ChemComp-V6X:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • streptococcus sp. 'group g' (バクテリア)
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • staphylococcus aureus subsp. aureus mu50 (黄色ブドウ球菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / DRD1 / LSD / PF-6142

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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