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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jx9 | ||||||
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タイトル | rat megalin bodyA | ||||||
要素 |
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キーワード | ENDOCYTOSIS / endocytosis receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Goto, S. / Tsutsumi, A. / Lee, Y. / Hosojima, M. / Kabasawa, H. / Komochi, K. / Yun-san, L. / Nagatoshi, S. / Tsumoto, K. / Nishizawa, T. ...Goto, S. / Tsutsumi, A. / Lee, Y. / Hosojima, M. / Kabasawa, H. / Komochi, K. / Yun-san, L. / Nagatoshi, S. / Tsumoto, K. / Nishizawa, T. / Kikkawa, M. / Saito, A. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures elucidate the multiligand receptor nature of megalin. 著者: Sawako Goto / Akihisa Tsutsumi / Yongchan Lee / Michihiro Hosojima / Hideyuki Kabasawa / Koichi Komochi / Satoru Nagatoishi / Kazuya Takemoto / Kouhei Tsumoto / Tomohiro Nishizawa / Masahide ...著者: Sawako Goto / Akihisa Tsutsumi / Yongchan Lee / Michihiro Hosojima / Hideyuki Kabasawa / Koichi Komochi / Satoru Nagatoishi / Kazuya Takemoto / Kouhei Tsumoto / Tomohiro Nishizawa / Masahide Kikkawa / Akihiko Saito / 要旨: Megalin (low-density lipoprotein receptor-related protein 2) is a giant glycoprotein of about 600 kDa, mediating the endocytosis of more than 60 ligands, including those of proteins, peptides, and ...Megalin (low-density lipoprotein receptor-related protein 2) is a giant glycoprotein of about 600 kDa, mediating the endocytosis of more than 60 ligands, including those of proteins, peptides, and drug compounds [S. Goto, M. Hosojima, H. Kabasawa, A. Saito, , 106393 (2023)]. It is expressed predominantly in renal proximal tubule epithelial cells, as well as in the brain, lungs, eyes, inner ear, thyroid gland, and placenta. Megalin is also known to mediate the endocytosis of toxic compounds, particularly those that cause renal and hearing disorders [Y. Hori , , 1783-1791 (2017)]. Genetic megalin deficiency causes Donnai-Barrow syndrome/facio-oculo-acoustico-renal syndrome in humans. However, it is not known how megalin interacts with such a wide variety of ligands and plays pathological roles in various organs. In this study, we elucidated the dimeric architecture of megalin, purified from rat kidneys, using cryoelectron microscopy. The maps revealed the densities of endogenous ligands bound to various regions throughout the dimer, elucidating the multiligand receptor nature of megalin. We also determined the structure of megalin in complex with receptor-associated protein, a molecular chaperone for megalin. The results will facilitate further studies on the pathophysiology of megalin-dependent multiligand endocytic pathways in multiple organs and will also be useful for the development of megalin-targeted drugs for renal and hearing disorders, Alzheimer's disease [B. V. Zlokovic , , 4229-4234 (1996)], and other illnesses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jx9.cif.gz | 443.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jx9.ent.gz | 282.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jx9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jx9_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jx9_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jx9_validation.xml.gz | 54.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jx9_validation.cif.gz | 80.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jx9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36693MC 8jutC 8juuC 8jx8C 8jxaC 8jxbC 8jxcC 8jxdC 8jxeC 8jxfC 8jxgC 8jxhC 8jxiC 8jxjC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 23分子 ABO
#1: タンパク質 | 分子量: 519871.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A0G2K9W7 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 472.537 Da / 分子数: 1 Fragment: Authors could not experimentally confirm this sequence, but the sequence should be a part of molecule 1. Therefore the residue numbers and chain ID are meaningless for molecule 2. 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) #8: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-糖 , 5種, 14分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 糖 | #7: 糖 | ChemComp-A2G / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: rat megalin head domain / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus (ネズミ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11096 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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