PDB-8jvt: Crystal structure of the chimeric protein mkaL2_v1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jvt

タイトル

Crystal structure of the chimeric protein mkaL2_v1

要素

mkaL2_v1

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / OB fold

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.106 Å

データ登録者

Yagi, S. / Tagami, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18H01328	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15854	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22H01346	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: An ancestral fold reveals the evolutionary link between RNA polymerase and ribosomal proteins.
著者: Yagi, S. / Tagami, S.

履歴

登録	2023年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8jvt.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jvt_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jvt_full_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示
XML形式データ	8jvt_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8jvt_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jvt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jvnC 8jvoC 8jvpC 8jvqC 8jvrC 8jvsC 8jvuC 8jvvC 8jvwC 8jvxC 8jvyC 8jvzC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mkaL2_v1

B: mkaL2_v1

C: mkaL2_v1

D: mkaL2_v1

E: mkaL2_v1

F: mkaL2_v1

36.1 kDa, 6 ポリマー
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1

A: mkaL2_v1

B: mkaL2_v1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
12 kDa, 2 ポリマー
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2

C: mkaL2_v1

E: mkaL2_v1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 2 ポリマー
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3

D: mkaL2_v1

F: mkaL2_v1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	124.137, 53.887, 55.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	mkaL2_v1 分子量: 6010.080 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 6000, 100mM Tris pH8.0, 200mM Lithium chrolide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 35872 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 1.82 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 0.78
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 5832 / CC_1/2: 0.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.106→38.684 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	3596	10.03 %
R_work	0.2021	-	-
obs	0.2069	35859	93.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.106→38.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2397	0	0	23	2420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2424
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.267	3273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	30.54	960
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.521	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	429

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.106-2.1336	0.3824	123	0.3421	1237	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1336-2.1628	0.3784	158	0.3333	1250	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1628-2.1937	0.3792	143	0.3413	1246	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1937-2.2265	0.3577	127	0.3549	1253	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2265-2.2613	0.3555	146	0.3272	1268	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2613-2.2983	0.2986	142	0.3135	1236	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2983-2.338	0.338	126	0.3176	1311	X-RAY DIFFRACTION	94
2.338-2.3805	0.3419	131	0.3248	1192	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3805-2.4262	0.3909	131	0.3221	1266	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4262-2.4758	0.3374	148	0.3149	1193	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4758-2.5296	0.4009	133	0.2954	1303	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5296-2.5884	0.3161	142	0.2957	1295	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5884-2.6531	0.3645	145	0.2907	1255	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6531-2.7248	0.3433	138	0.3099	1288	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7248-2.805	0.3213	148	0.2723	1321	X-RAY DIFFRACTION	97
2.805-2.8955	0.3397	133	0.2922	1266	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8955-2.999	0.3463	145	0.287	1278	X-RAY DIFFRACTION	96
2.999-3.119	0.314	147	0.263	1238	X-RAY DIFFRACTION	94
3.119-3.2609	0.3122	155	0.2325	1202	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2609-3.4327	0.2831	120	0.2338	1204	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4327-3.6476	0.2491	136	0.2135	1179	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6476-3.929	0.2668	139	0.1869	1179	X-RAY DIFFRACTION	89
3.929-4.3239	0.1842	123	0.1512	1180	X-RAY DIFFRACTION	89
4.3239-4.9485	0.1723	132	0.1311	1182	X-RAY DIFFRACTION	89
4.9485-6.2304	0.2131	145	0.1517	1220	X-RAY DIFFRACTION	92
6.2304-38.684	0.185	140	0.1417	1221	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4175	1.0646	-2.7716	6.3508	-1.8236	5.8825	0.0131	-0.2799	0.1367	-0.3775	-0.0328	1.0733	0.2546	-0.0038	0.1533	0.522	0.0411	-0.1074	0.4455	-0.0736	0.7183	23.3026	2.3073	22.904
2	2.4946	1.5381	0.8606	3.8644	3.9033	4.1781	-0.1086	1.6029	-1.2277	-0.4283	-0.006	0.0896	0.7464	-0.4959	0.1178	0.6431	0.0013	-0.0792	0.6744	-0.1901	0.7272	18.6428	-1.3655	18.4559
3	4.756	3.0283	-2.086	4.031	1.4856	9.3927	0.0185	-0.1049	-0.66	0.1711	-0.0179	-0.5254	0.3777	0.1537	0.0968	0.5035	0.061	-0.0761	0.3275	-0.0265	0.4798	21.9292	1.603	25.7672
4	6.8532	4.6475	1.0355	4.2174	3.525	8.2186	-0.3625	-0.7023	1.3694	0.0887	-0.1349	0.3793	-0.6245	-0.091	0.7981	0.578	0.0734	-0.0415	0.3543	-0.066	0.5718	14.2807	10.6502	27.6698
5	9.8577	2.2099	8.8395	2.5375	3.5942	9.2631	1.8909	1.2862	-1.9042	-1.1907	-0.688	1.4108	2.2079	0.6346	-0.4334	0.9299	0.0416	-0.3369	0.5826	-0.1905	0.8218	3.2782	-1.4153	20.5994
6	3.6179	3.4789	-0.3668	3.5443	-0.5073	3.1578	-0.0213	0.1487	0.5859	-0.7189	-0.2936	0.0042	-0.6003	0.1634	0.0481	0.4702	-0.0073	-0.0438	0.3863	-0.0258	0.6404	14.8794	11.0212	21.3249
7	6.2467	0.9112	-1.0304	4.9003	-0.2383	4.8827	0.3626	-0.9965	0.2728	0.1096	-0.0355	0.1278	0.1142	-0.3691	-0.3002	0.5704	-0.0258	-0.0532	0.3072	-0.0457	0.5269	12.5171	4.8512	30.806
8	4.1554	-1.4454	3.6563	8.3495	-4.4082	4.1252	-0.8958	-0.2589	0.0139	0.5582	0.826	0.2034	-0.2069	-0.9523	-0.0085	0.6114	0.2024	-0.016	1.0265	-0.1376	0.4847	12.4147	4.0827	-6.031
9	2.1955	0.1904	0.6181	2.0006	-7.2971	4.895	-2.8542	-2.4179	-0.1447	1.1578	1.6034	1.2951	-0.6619	-1.4534	0.2365	0.8862	0.1906	-0.0799	1.7607	0.165	1.1317	0.9061	5.3983	-4.7729
10	9.4661	-6.3529	-0.7899	9.2821	-2.4497	5.1884	-1.3034	-2.5796	0.967	1.1747	1.0855	-0.9979	-0.498	-0.2962	0.2104	0.5439	0.0525	-0.0289	0.982	-0.2296	0.5449	13.1396	8.2459	-6.1313
11	6.5414	-3.5527	0.4124	6.0316	-2.649	5.1756	0.3745	-0.043	-0.2455	0.3941	0.0381	0.06	0.5673	-0.0196	-0.4499	0.8037	0.0219	-0.0552	1.0061	-0.0672	0.506	18.7704	-13.8578	-2.2818
12	8.1446	1.3766	0.789	9.6617	-0.5686	2.437	-1.0488	-1.5365	-0.2386	0.8	0.5625	-0.1675	0.7186	-0.1536	0.3248	0.7948	0.0492	0.1246	0.8002	-0.0287	0.425	21.6189	-12.2874	-1.4143
13	8.8883	-1.7608	2.0732	2.0194	-0.5837	2.9447	-0.534	-1.1175	-1.1892	1.3308	0.3687	0.0845	1.4314	-0.77	0.4608	1.1545	-0.0678	0.1762	0.9089	0.1346	0.6766	21.1819	-24.6289	0.2339
14	2.0615	0.608	3.1643	5.9997	2.3621	8.734	-0.018	-0.1103	0.6389	-0.3707	0.0412	-0.181	-0.3481	-1.5433	-0.331	0.5038	0.0927	0.0036	0.7346	0.1285	0.5594	-11.007	11.1946	17.3114
15	4.6683	-6.9051	-0.3447	1.9787	0.7266	6.2766	-0.1343	1.6973	0.2036	-0.8286	0.2635	-0.7	0.7936	1.9693	-0.1845	0.6752	-0.0472	0.0936	1.1791	0.0479	0.8903	5.6801	10.9236	10.7879
16	7.3061	5.0203	-5.8172	3.5947	-4.0471	4.7775	0.1841	0.2759	0.2568	0.9044	0.3856	0.1704	0.081	-0.3002	-0.3125	0.4928	0.0291	-0.0204	0.7333	0.0359	0.5681	-9.3113	5.0558	17.3931
17	3.0837	-1.8083	-1.5626	6.5747	-1.2397	6.5576	-0.0862	0.9613	1.5595	0.0667	0.1554	0.3066	0.0612	-0.6633	-0.0935	0.5824	0.0003	-0.0581	0.5915	0.2752	0.5974	-8.7779	15.7329	12.8734
18	3.3493	4.1052	0.7867	5.9949	-2.2522	8.0028	-1.4161	-1.4312	-1.899	-0.2916	0.0587	-1.4359	1.6353	1.4936	1.2401	0.7939	0.2037	0.1312	0.6611	-0.0227	0.8687	43.0992	2.3209	9.794
19	7.8065	-2.1781	-8.3541	2.1554	1.7451	9.0927	1.6581	1.3591	2.0532	-0.5787	0.0364	-0.8908	-0.0177	-2.6469	-0.815	0.9224	-0.0068	-0.1812	0.9758	0.2112	0.99	25.4226	6.1539	7.3064
20	8.6399	1.4757	0.4231	2.3596	-1.5519	2.254	0.9315	0.365	-1.9147	-0.1467	-0.3623	-0.8379	0.2921	1.7293	-0.2432	0.5954	0.0828	0.0845	1.0351	-0.1484	0.7093	39.1269	5.2156	12.6907
21	4.9941	0.5764	-3.3296	9.5711	-4.3824	7.5386	-0.6317	-0.8709	-0.4416	-0.4073	0.1714	-1.4147	1.0445	1.1301	0.3448	0.6791	0.1419	0.0904	0.9104	-0.201	0.6439	39.5402	3.4586	10.317
22	7.3583	3.0821	-3.3092	3.9423	-0.2511	2.0528	-0.3879	1.3857	-1.1397	-1.4052	-0.1159	-0.7395	2.2589	1.6278	0.8492	1.0599	0.2785	0.2012	1.3373	-0.0865	0.7236	44.6262	3.9404	-0.1468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 34 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 16 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 17 through 24 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 39 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 40 through 55 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 4 through 29 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 30 through 34 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 35 through 55 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 4 through 23 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 24 through 48 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 49 through 55 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 5 through 16 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 17 through 24 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 25 through 39 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 40 through 55 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 5 through 16 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 17 through 23 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 24 through 30 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 31 through 48 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 49 through 55 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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