PDB-8jvs: Crystal structure of the chimeric protein tkoL2_v1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jvs

タイトル

Crystal structure of the chimeric protein tkoL2_v1

要素

tkoL2_v1

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / OB fold

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Yagi, S. / Tagami, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18H01328	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15854	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22H01346	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: An ancestral fold reveals the evolutionary link between RNA polymerase and ribosomal proteins.
著者: Yagi, S. / Tagami, S.

履歴

登録	2023年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jvs.cif.gz	33.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jvs.ent.gz	22 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jvs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jvs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jvnC 8jvoC 8jvpC 8jvqC 8jvrC 8jvtC 8jvuC 8jvvC 8jvwC 8jvxC 8jvyC 8jvzC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tkoL2_v1

5.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tkoL2_v1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
11.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.509, 40.509, 68.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	tkoL2_v1 分子量: 5901.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2% PEG400, 100mM Tris pH8.5, 2000mM Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 17462 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.17
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 2810 / CC_1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→34.881 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2141	1759	10.08 %
R_work	0.1995	-	-
obs	0.201	17449	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	384	0	0	51	435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13	522
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.398	154
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.64	64
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	66

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5001-1.5406	0.3031	131	0.2394	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5406-1.5859	0.2672	138	0.2415	1201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5859-1.6371	0.2338	140	0.2408	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6371-1.6956	0.2832	130	0.2402	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6956-1.7635	0.3046	135	0.2395	1193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7635-1.8438	0.2955	135	0.2395	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8438-1.941	0.1987	132	0.2189	1206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.941-2.0626	0.2152	133	0.2061	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0626-2.2218	0.1789	139	0.1957	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2218-2.4454	0.2022	136	0.1938	1183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4454-2.7991	0.2637	140	0.2108	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7991-3.526	0.2001	136	0.1954	1206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.526-34.881	0.1926	134	0.1795	1218	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3652	1.8186	-0.1976	8.7912	-4.8653	4.1036	-0.1243	0.2104	-0.027	-0.266	-0.0464	-0.2643	0.2502	0.229	0.2253	0.2471	0.0001	0.0227	0.1892	-0.047	0.1885	-7.2914	6.03	8.4161
2	4.0843	3.6923	-2.2841	7.7151	-4.7747	5.2964	-0.0204	0.1015	0.2558	0.3891	0.1566	0.3784	-0.1137	-0.3083	-0.2142	0.254	-0.0045	0.0109	0.1929	-0.0424	0.2421	-13.4868	5.8317	14.2418
3	4.8298	1.9838	2.8593	3.1489	1.6163	8.0745	-0.0445	0.2671	-0.2791	-0.1355	0.1293	-0.248	0.4533	0.5198	-0.0526	0.2086	0.0416	0.0202	0.1952	-0.0345	0.2309	-3.6016	1.7574	11.724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 55 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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