PDB-8jsk: Crystal structure of an N-terminal cyclic nucleotide-binding doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jsk

タイトル

Crystal structure of an N-terminal cyclic nucleotide-binding domain of a PycTIR from Pseudovibrio sp. in complex with cUMP

要素

PycTIR

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cUMP receptor / Pycsar effector protein

機能・相同性

Uridine-3',5'-cyclic monophosphate

機能・相同性情報

生物種

Pseudovibrio sp. W64 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.401 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of cyclic pyrimidine-regulated anti-phage system.
著者: Hou, M.H. / Chen, C.J. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年6月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jsk.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jsk.ent.gz	57.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jsfC 8jsjC 8jszC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PycTIR

B: PycTIR

ヘテロ分子

36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PycTIR

ヘテロ分子

B: PycTIR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.485, 133.485, 34.069
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	PycTIR 分子量: 17846.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: NCBI: KZK76288.1; cloning site: L151, E152 Tag: H153-H158 由来: (組換発現) Pseudovibrio sp. W64 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-6SY / Uridine-3',5'-cyclic monophosphate / cUMP / cUMP 分子量: 306.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.075 M HEPES pH 7.5, 7.5% w/v polyethylene glycol 8,000, 6% v/v ethylene glycol and 25% v/v glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.401→30 Å / Num. obs: 12049 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1192 / CC_1/2: 0.808 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.401→25.082 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 10.073 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.844 / ESU R Free: 0.288 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	664	5.555 %
R_work	0.1979	11289	-
all	0.2	-	-
obs	-	11953	98.826 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.905 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.034 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.034 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.401→25.082 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2498	0	20	88	2606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.632	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.149	1.581	5719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.672	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.703	23.38	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.089	15	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.812	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.145	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.808	3.787	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.806	3.785	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.297	5.669	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.297	5.672	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.194	4.265	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.193	4.267	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.203	6.213	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.202	6.216	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.324	44.051	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.324	44.046	2635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.401-2.463	0.278	31	0.237	776	X-RAY DIFFRACTION	92.0182
2.463-2.53	0.286	48	0.232	770	X-RAY DIFFRACTION	96.4623
2.53-2.603	0.278	56	0.221	770	X-RAY DIFFRACTION	99.2788
2.603-2.682	0.374	47	0.226	759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.682-2.769	0.271	53	0.23	724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.769-2.866	0.318	49	0.23	720	X-RAY DIFFRACTION	99.8701
2.866-2.973	0.293	39	0.233	685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.973-3.093	0.285	40	0.221	691	X-RAY DIFFRACTION	99.8634
3.093-3.229	0.196	35	0.208	609	X-RAY DIFFRACTION	99.845
3.229-3.385	0.254	47	0.215	622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.385-3.565	0.29	30	0.216	589	X-RAY DIFFRACTION	99.8387
3.565-3.778	0.198	25	0.189	575	X-RAY DIFFRACTION	99.8336
3.778-4.034	0.165	20	0.184	524	X-RAY DIFFRACTION	99.6337
4.034-4.351	0.301	22	0.16	500	X-RAY DIFFRACTION	99.0512
4.351-4.756	0.149	16	0.15	471	X-RAY DIFFRACTION	99.7951
4.756-5.301	0.208	20	0.17	413	X-RAY DIFFRACTION	99.3119
5.301-6.09	0.222	29	0.211	361	X-RAY DIFFRACTION	99.7442
6.09-7.383	0.209	20	0.199	321	X-RAY DIFFRACTION	100
7.383-10.138	0.188	22	0.124	248	X-RAY DIFFRACTION	99.631
10.138-25.082	0.188	15	0.232	160	X-RAY DIFFRACTION	95.6284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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