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Yorodumi- PDB-8jsf: Crystal structure of a cytidylate cyclase from multidrug-resistan... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jsf | ||||||
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Title | Crystal structure of a cytidylate cyclase from multidrug-resistant bacterium Elizabethkingia anopheles | ||||||
Components | cytidylate cyclase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Adenylate/guanylate cyclase | ||||||
Biological species | Elizabethkingia anophelis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y. | ||||||
Funding support | Taiwan, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Structural and functional characterization of cyclic pyrimidine-regulated anti-phage system. Authors: Hou, M.H. / Chen, C.J. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Chen, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jsf.cif.gz | 226.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jsf.ent.gz | 182.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jsf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39472.184 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: NCBI:WP_049037095.1 / Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: cytidylate cyclase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.05 M Bis-Tris 7.0, 1.6 M Ammonium sulfate, 25% v/v Glycerol, 0.15 M Potassium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 07A / Wavelength: 0.97624 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 13, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97624 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→30 Å / Num. obs: 37544 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 33.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 51 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3697 / CC1/2: 0.835 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AlphaFold Resolution: 2.2→22.38 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→22.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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