PDB-8jsj: Crystal structure of an N-terminal cyclic nucleotide-binding doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jsj

タイトル

Crystal structure of an N-terminal cyclic nucleotide-binding domain of a PycTIR from Novosphingobium pentaromativorans

要素

PycTIR

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cUMP receptor / Pycsar effector protein

生物種

Novosphingobium pentaromativorans US6-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.858 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of cyclic pyrimidine-regulated anti-phage system.
著者: Hou, M.H. / Chen, C.J. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年6月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jsj.cif.gz	45.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jsj.ent.gz	28.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jsj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jsfC 8jskC 8jszC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PycTIR

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.115, 87.115, 93.349
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	PycTIR 分子量: 34018.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NCBI: WP_081473994.1 由来: (組換発現) Novosphingobium pentaromativorans US6-1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride dihydrate,0.05 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5,10% w/v polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.858→30 Å / Num. obs: 5229 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 34.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 85
反射シェル	解像度: 2.86→2.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 502 / CC_1/2: 0.895 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.858→24.345 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 16.894 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.273 / ESU R Free: 0.401 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	247	5.04 %
R_work	0.2578	4654	-
all	0.259	-	-
obs	-	4901	93.817 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.472 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.041 Å²	-0.021 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.041 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.858→24.345 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1017	0	0	50	1067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.633	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.135	1.594	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.969	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.882	21.818	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.793	15	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.384	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.065	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.282	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.218	5.291	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.208	5.283	532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.882	7.907	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.89	7.908	664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.801	6.149	489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.798	6.152	490
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.749	8.899	714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.743	8.903	715
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.706	63.892	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.761	63.957	1102

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.858-2.932	0.16	5	0.373	175	X-RAY DIFFRACTION	49.3151
2.932-3.011	0.313	15	0.414	241	X-RAY DIFFRACTION	70.137
3.011-3.097	0.472	13	0.411	317	X-RAY DIFFRACTION	96.2099
3.097-3.192	0.469	15	0.352	338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.192-3.295	0.358	24	0.338	301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.295-3.409	0.294	14	0.324	306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.409-3.536	0.322	15	0.294	299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.536-3.679	0.264	20	0.299	279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.679-3.839	0.351	18	0.264	273	X-RAY DIFFRACTION	100
3.839-4.024	0.275	17	0.241	271	X-RAY DIFFRACTION	100
4.024-4.237	0.248	19	0.232	244	X-RAY DIFFRACTION	100
4.237-4.488	0.243	10	0.201	243	X-RAY DIFFRACTION	100
4.488-4.791	0.196	14	0.172	232	X-RAY DIFFRACTION	100
4.791-5.164	0.247	11	0.194	214	X-RAY DIFFRACTION	100
5.164-5.64	0.279	7	0.211	207	X-RAY DIFFRACTION	100
5.64-6.278	0.304	10	0.23	185	X-RAY DIFFRACTION	100
6.278-7.197	0.145	7	0.214	171	X-RAY DIFFRACTION	100
7.197-8.69	0.287	3	0.191	152	X-RAY DIFFRACTION	99.359
8.69-11.804	0.204	7	0.177	122	X-RAY DIFFRACTION	100
11.804-24.345	0.166	3	0.31	82	X-RAY DIFFRACTION	92.3913

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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