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- PDB-8joo: Crystal structure of cytochrome P450 IkaD from Streptomyces sp. Z... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8joo
タイトルCrystal structure of cytochrome P450 IkaD from Streptomyces sp. ZJ306, in complex with the substrate ikarugamycin
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxylation / polycyclic tetramate macrolactam / cytochrome P450
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EIA / FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. ZJ306 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhang, Y.L. / Zhang, L.P. / Zhang, C.S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177118 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630004 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: A Mechanistic Understanding of the Distinct Regio- and Chemoselectivity of Multifunctional P450s by Structural Comparison of IkaD and CftA Complexed with Common Substrates.
著者: Jiang, P. / Jin, H. / Zhang, G. / Zhang, W. / Liu, W. / Zhu, Y. / Zhang, C. / Zhang, L.
履歴
登録2023年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,26413
ポリマ－91,7742
非ポリマー2,48911
水11,584643
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1206
ポリマ－45,8871
非ポリマー1,2335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1437
ポリマ－45,8871
非ポリマー1,2566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.174, 82.121, 143.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-898-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 45887.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. ZJ306 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4ZV78

-
非ポリマー , 5種, 654分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EIA / (1Z,3E,5S,7R,8R,10R,11R,12S,15R,16S,18Z,25S)-11-ethyl-2-hydroxy-10-methyl-21,26-diazapentacyclo[23.2.1.05,16.07,15.08,12]octacosa-1(2),3,13,18-tetraene-20,27,28-trione / ikarugamycin


分子量: 478.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H38N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.5-4.0 M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→19.89 Å / Num. obs: 49517 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 139583
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Num. measured all: 13314 / Num. unique obs: 4579 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.508 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
AimlessCCP4Interface 7.0.073データスケーリング
CrysalisPro171.39.7eデータ削減
MOLREPCCP4Interface 7.0.073位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→19.89 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 2534 5.14 %
Rwork0.2166 --
obs0.2191 49325 96.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6083 0 175 643 6901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8758769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.038944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.290.29281230.25412605X-RAY DIFFRACTION98
2.29-2.340.28731400.24832632X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.390.28911500.2352604X-RAY DIFFRACTION98
2.39-2.450.29371400.22922662X-RAY DIFFRACTION99
2.45-2.510.27431600.23592629X-RAY DIFFRACTION98
2.51-2.570.27751380.22132630X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.650.31731420.23312616X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.740.30251530.23712620X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.830.29231460.23842615X-RAY DIFFRACTION99
2.83-2.950.33121500.24472657X-RAY DIFFRACTION98
2.95-3.080.28931470.23292623X-RAY DIFFRACTION98
3.08-3.240.24691430.22072627X-RAY DIFFRACTION98
3.24-3.440.2471300.22052613X-RAY DIFFRACTION97
3.44-3.710.23451460.19882582X-RAY DIFFRACTION97
3.71-4.080.21841150.18932579X-RAY DIFFRACTION95
4.08-4.660.22781540.17272533X-RAY DIFFRACTION94
4.66-5.850.24251320.19262573X-RAY DIFFRACTION94
5.85-19.890.23591250.21142391X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.8714 Å / Origin y: 0.479 Å / Origin z: 25.3596 Å
111213212223313233
T0.0931 Å20.0049 Å20.0006 Å2-0.0461 Å20.0055 Å2--0.0693 Å2
L0.8547 °2-0.0074 °20.0126 °2-0.5245 °20.0059 °2--0.7743 °2
S-0.0469 Å °0.029 Å °-0.0105 Å °0.0243 Å °0.0281 Å °0.0033 Å °-0.0172 Å °-0.0106 Å °0.014 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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