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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jnq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of cytochrome P450 CftA from Streptomyces torulosus NRRL B-3889, in complex with a substrate compound c | |||||||||
![]() | Cytochrome P450 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Actinomadura viridis / hydrolase / Lobophorin / deglycosylation | |||||||||
機能・相同性 | Chem-EIU / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jiang, P. / Zhang, L.P. / Zhang, C.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Mechanistic Understanding of the Distinct Regio- and Chemoselectivity of Multifunctional P450s by Structural Comparison of IkaD and CftA Complexed with Common Substrates. 著者: Jiang, P. / Jin, H. / Zhang, G. / Zhang, W. / Liu, W. / Zhu, Y. / Zhang, C. / Zhang, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44088.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NRRL B-3889 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-EIU / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2M Lithium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 20% w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.47 Å / Num. obs: 33699 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 270689 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.812 / Num. measured all: 11546 / Num. unique obs: 2444 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.417 / Rrim(I) all: 0.916 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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