PDB-8jk1: Crystal structure of QA-hNTAQ1 C28S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jk1

タイトル

Crystal structure of QA-hNTAQ1 C28S

要素

Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.067 Å

データ登録者

Kang, J.M. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural study for substrate recognition of human N-terminal glutamine amidohydrolase 1 in the arginine N-degron pathway.
著者: Kang, J.M. / Park, J.S. / Lee, J.S. / Jang, J.Y. / Han, B.W.

履歴

登録	2023年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jk1.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jk1.ent.gz	73.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jk1_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jk1_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	8jk1_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	8jk1_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jjfC 8jjgC 8jjhC 8jjiC 8jjuC 8jjwC 8jjxC 8jjyC 8jjzC 8jk0C 8jk2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

B: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.059, 64.125, 80.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.873, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein N-terminal glutamine amidohydrolase 分子量: 23415.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8orf32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024R9I8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25 % (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 25723 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.87
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 1276 / CC_1/2: 0.744

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
d*TREK		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.067→43.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 4.967 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2194	1145	4.922 %
R_work	0.2036	22120	-
all	0.204	-	-
obs	-	23265	85.703 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.274 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.216 Å²	-0 Å²	0.055 Å²
2-	-	-0.668 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.539 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.067→43.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3280	0	0	185	3465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.175	1.646	4637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.084	1.581	6977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.484	5	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.13	22.553	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.916	15	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.864	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.27	3.035	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.269	3.034	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.332	4.54	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.332	4.541	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.932	2.991	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.93	2.99	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.667	4.457	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.667	4.457	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.288	33.453	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.171	33.307	3710

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.067-2.121	0.262	60	0.237	1152	X-RAY DIFFRACTION	60.7823
2.121-2.179	0.265	65	0.244	1225	X-RAY DIFFRACTION	66.2898
2.179-2.242	0.278	65	0.23	1281	X-RAY DIFFRACTION	71.672
2.242-2.311	0.286	72	0.235	1297	X-RAY DIFFRACTION	74.2005
2.311-2.386	0.26	59	0.226	1348	X-RAY DIFFRACTION	79.8978
2.386-2.47	0.277	70	0.22	1362	X-RAY DIFFRACTION	82.6313
2.47-2.563	0.22	70	0.217	1410	X-RAY DIFFRACTION	88.2002
2.563-2.667	0.264	68	0.227	1390	X-RAY DIFFRACTION	91.182
2.667-2.785	0.227	66	0.222	1322	X-RAY DIFFRACTION	90.719
2.785-2.921	0.23	75	0.203	1313	X-RAY DIFFRACTION	94.2935
2.921-3.078	0.197	60	0.193	1253	X-RAY DIFFRACTION	94.8014
3.078-3.264	0.187	62	0.187	1204	X-RAY DIFFRACTION	95.2596
3.264-3.489	0.213	60	0.171	1138	X-RAY DIFFRACTION	96.3023
3.489-3.767	0.189	58	0.173	1117	X-RAY DIFFRACTION	99.2399
3.767-4.124	0.218	68	0.178	988	X-RAY DIFFRACTION	99.5287
4.124-4.607	0.163	51	0.181	916	X-RAY DIFFRACTION	99.1795
4.607-5.312	0.185	34	0.189	831	X-RAY DIFFRACTION	99.7693
5.312-6.487	0.264	37	0.241	705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.487-9.098	0.18	21	0.23	556	X-RAY DIFFRACTION	100
9.098-43.57	0.255	24	0.241	312	X-RAY DIFFRACTION	99.115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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