PDB-8jjw: Crystal structure of QG-hNTAQ1 C28S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jjw

タイトル

Crystal structure of QG-hNTAQ1 C28S

要素

Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kang, J.M. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural study for substrate recognition of human N-terminal glutamine amidohydrolase 1 in the arginine N-degron pathway.
著者: Kang, J.M. / Park, J.S. / Lee, J.S. / Jang, J.Y. / Han, B.W.

履歴

登録	2023年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jjw.cif.gz	129.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jjw.ent.gz	80.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jjw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jjw_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jjw_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	8jjw_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	8jjw_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/8jjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/8jjw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jjfC 8jjgC 8jjhC 8jjiC 8jjuC 8jjxC 8jjyC 8jjzC 8jk0C 8jk1C 8jk2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

B: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

ヘテロ分子

46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.084, 64.688, 80.262
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.821, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Protein N-terminal glutamine amidohydrolase 分子量: 23401.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gln-2 and Gly-1 are added to the N-terminus / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8orf32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024R9I8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25 % (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 84546 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.07 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.58
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 4219 / CC_1/2: 0.869

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→43.56 Å / SU ML: 0.1239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.6934
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	4140	5 %
R_work	0.1736	78656	-
obs	0.1744	82796	94.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3274	0	3	468	3745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	3438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8046	4695
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	618
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5346	467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2407	110	0.2168	2089	X-RAY DIFFRACTION	76.06
1.42-1.43	0.251	121	0.2232	2304	X-RAY DIFFRACTION	83.13
1.43-1.45	0.2213	128	0.2083	2433	X-RAY DIFFRACTION	88.28
1.45-1.47	0.2725	129	0.2119	2446	X-RAY DIFFRACTION	88.67
1.47-1.49	0.2582	134	0.2019	2548	X-RAY DIFFRACTION	93.87
1.49-1.51	0.225	138	0.1951	2611	X-RAY DIFFRACTION	94.02
1.51-1.53	0.2288	140	0.1998	2651	X-RAY DIFFRACTION	95.84
1.53-1.55	0.2322	137	0.1882	2613	X-RAY DIFFRACTION	95.25
1.55-1.58	0.1935	131	0.1872	2511	X-RAY DIFFRACTION	90.2
1.58-1.6	0.227	139	0.1866	2630	X-RAY DIFFRACTION	96.31
1.6-1.63	0.2055	144	0.1839	2731	X-RAY DIFFRACTION	97.06
1.63-1.66	0.1885	138	0.1787	2626	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.66-1.69	0.1938	142	0.1798	2693	X-RAY DIFFRACTION	96.43
1.69-1.73	0.2096	138	0.1703	2634	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.73-1.77	0.1739	141	0.1697	2669	X-RAY DIFFRACTION	96.86
1.77-1.81	0.2017	143	0.176	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.81-1.85	0.1844	143	0.1732	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.01
1.85-1.9	0.1819	142	0.1751	2703	X-RAY DIFFRACTION	97.6
1.9-1.96	0.1715	138	0.171	2620	X-RAY DIFFRACTION	94.65
1.96-2.02	0.2147	139	0.1802	2640	X-RAY DIFFRACTION	94.91
2.02-2.09	0.1946	141	0.1773	2675	X-RAY DIFFRACTION	97.41
2.09-2.18	0.1839	143	0.1685	2712	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.18-2.28	0.2052	142	0.172	2713	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.28-2.4	0.189	142	0.1788	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.06
2.4-2.55	0.1888	143	0.1818	2706	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.55-2.74	0.2056	140	0.1843	2665	X-RAY DIFFRACTION	96.26
2.74-3.02	0.1643	138	0.1784	2606	X-RAY DIFFRACTION	93.78
3.02-3.46	0.1771	146	0.1644	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.46-4.35	0.1403	146	0.1455	2775	X-RAY DIFFRACTION	98.95
4.35-43.56	0.2	144	0.1633	2737	X-RAY DIFFRACTION	95.62

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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