PDB-8jjq: Structure of SenB in complex with UDP-GalNAc at 1.64 Angstroms re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jjq

タイトル

Structure of SenB in complex with UDP-GalNAc at 1.64 Angstroms resolution

要素

TIGR04348 family glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / UDP-GalNAc

機能・相同性

Putative glycosyltransferase / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / TIGR04348 family glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Variovorax paradoxus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Feng, L. / Wei, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Substrate binding and catalytic mechanism of the Se-glycosyltransferase SenB in the biosynthesis of selenoneine.
著者: Huang, W. / Song, J. / Sun, T. / He, Y. / Li, X. / Deng, Z. / Long, F.

履歴

登録	2023年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年8月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jjq.cif.gz	219 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jjq.ent.gz	170.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/8jjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/8jjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jjnC 8jjtC 8k5uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

C: TIGR04348 family glycosyltransferase

A: TIGR04348 family glycosyltransferase

B: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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2

A: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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3

B: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.114, 56.377, 108.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	TIGR04348 family glycosyltransferase 分子量: 35325.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア) 遺伝子: JF629_18585 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A952K6X5
#2: 化合物	ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化	温度: 291.153 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 5000-MME, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→49.99 Å / Num. obs: 157933 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6787 / CC_1/2: 0.655

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	5.8.0267	データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→49.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.197 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.016 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19542	7648	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17595	-	-	-
obs	0.17691	150266	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.534 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.29 Å²	0 Å²	5.41 Å²
2-	-	-3.81 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.64→49.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7206	0	117	1095	8418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	7471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.968	1.637	10182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.513	1.576	16358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.079	5	955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.762	19.854	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.225	15	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.722	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	8588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.013	1.82	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.01	1.819	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.764	2.729	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.765	2.729	4788
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.781	2.067	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.78	2.067	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.038	3.004	5396
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.701	23.988	8424
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.367	22.867	8110
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.653 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	162	-
R_work	0.222	3006	-
obs	-	-	25.71 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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