PDB-8jjn: Structure of SenB in complex with UDP-Glc and PO4- at 1.98 Angstr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jjn

タイトル

Structure of SenB in complex with UDP-Glc and PO4- at 1.98 Angstroms resolution

要素

TIGR04348 family glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Complex with UDP-Glc and PO4-

機能・相同性

Putative glycosyltransferase / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / PHOSPHATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / TIGR04348 family glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Variovorax paradoxus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Huang, W. / Long, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Substrate binding and catalytic mechanism of the Se-glycosyltransferase SenB in the biosynthesis of selenoneine.
著者: Huang, W. / Song, J. / Sun, T. / He, Y. / Li, X. / Deng, Z. / Long, F.

履歴

登録	2023年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年8月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jjn.cif.gz	202.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jjn.ent.gz	158.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jjn_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jjn_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8jjn_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	8jjn_validation.cif.gz	55.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/8jjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/8jjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jjqC 8jjtC 8k5uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

C: TIGR04348 family glycosyltransferase

A: TIGR04348 family glycosyltransferase

B: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
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1

C: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
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2

A: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
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3

B: TIGR04348 family glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.825, 55.792, 108.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	TIGR04348 family glycosyltransferase 分子量: 35033.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア) 遺伝子: JF629_18585 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A952K6X5
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER 分子量: 566.302 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化	温度: 291.153 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20%PEG8000, 0.2M(NH4SO4, 0.1M Hepes pH 7.5,10% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→49.57 Å / Num. obs: 89982 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.22 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 575 / CC_1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Blu-Ice		データ収集
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→48.55 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2199	4529	5.03 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.1925	89952	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7221	0	108	433	7762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7471
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	10180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.178	1132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2	0.328	134	0.2739	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.3069	160	0.263	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.05	0.2802	159	0.249	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.3091	114	0.2339	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.1	0.2683	159	0.2327	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2734	167	0.2163	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2774	161	0.214	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.2349	155	0.2038	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.255	167	0.1991	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2368	155	0.2047	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2357	148	0.1994	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.272	123	0.1928	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.39	0.2416	161	0.1906	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.2254	145	0.1968	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.2531	156	0.1909	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.2071	142	0.1843	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.62	0.2645	169	0.1855	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.69	0.1987	138	0.1801	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.77	0.2204	119	0.1822	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.86	0.1883	158	0.1873	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.96	0.2542	194	0.1904	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.08	0.2261	132	0.1982	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.22	0.2412	149	0.1932	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.39	0.2176	142	0.1942	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.6	0.1965	148	0.1878	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.87	0.1929	117	0.1734	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.26	0.2	179	0.1679	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.88	0.1712	147	0.1623	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
4.88-6.15	0.2105	180	0.2018	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-48.55	0.1886	151	0.1915	2978	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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