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- PDB-8jjo: Cryo-EM structure of the beta2AR-mBRIL/1b3 Fab/Glue complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jjo
タイトルCryo-EM structure of the beta2AR-mBRIL/1b3 Fab/Glue complex with an antagonist
要素Beta-2 adrenergic receptor,Beta-2 adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / diet induced thermogenesis / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / neuronal dense core vesicle / brown fat cell differentiation / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic spindle / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / lysosome / receptor complex / Ub-specific processing proteases / endosome / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / cilium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JTZ / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者He, B.B. / Zhong, Y.X. / Guo, Q. / Tao, Y.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: A method for structure determination of GPCRs in various states.
著者: Qiong Guo / Binbin He / Yixuan Zhong / Haizhan Jiao / Yinhang Ren / Qinggong Wang / Qiangqiang Ge / Yongxiang Gao / Xiangyu Liu / Yang Du / Hongli Hu / Yuyong Tao /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by various ligands has been one of the primary goals in the field. Here we developed an effective universal method for GPCR cryo-electron microscopy structure determination without the need to prepare GPCR-signaling protein complexes. Using this method, we successfully solved the structures of the β-adrenergic receptor (βAR) bound to antagonistic and agonistic ligands and the adhesion GPCR ADGRL3 in the apo state. For βAR, an intermediate state stabilized by the partial agonist was captured. For ADGRL3, the structure revealed that inactive ADGRL3 adopts a compact fold and that large unusual conformational changes on both the extracellular and intracellular sides are required for activation of adhesion GPCRs. We anticipate that this method will open a new avenue for understanding GPCR structure‒function relationships and drug development.
履歴
登録2023年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年9月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年9月6日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年9月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年9月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Beta-2 adrenergic receptor,Beta-2 adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8432
ポリマ－51,5941
非ポリマー2491
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor,Beta-2 adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562 / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 51594.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR, cybC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07550
#2: 化合物 ChemComp-JTZ / (2S)-1-[(1-methylethyl)amino]-3-(2-prop-2-en-1-ylphenoxy)propan-2-ol / (-)-アルプレノロ-ル


分子量: 249.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: chimeric beta-2 adrenergic receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: NICKEL/TITANIUM
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173740 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033068
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5524160
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.409401
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04485
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003509

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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