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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jgk | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mClC-3 with ADP | ||||||
要素 | H(+)/Cl(-) exchange transporter 3 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 volume-sensitive chloride channel activity / inhibitory synapse / negative regulation of cell volume / synaptic vesicle lumen acidification / voltage-gated chloride channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity / specific granule / photoreceptor cell maintenance / synaptic transmission, GABAergic / antiporter activity ...volume-sensitive chloride channel activity / inhibitory synapse / negative regulation of cell volume / synaptic vesicle lumen acidification / voltage-gated chloride channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity / specific granule / photoreceptor cell maintenance / synaptic transmission, GABAergic / antiporter activity / vesicle membrane / chloride transport / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / phagocytosis, engulfment / chloride channel activity / transport vesicle membrane / phagocytic vesicle / monoatomic ion transport / axon terminus / adult locomotory behavior / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / monoatomic ion channel activity / recycling endosome / neuron cellular homeostasis / recycling endosome membrane / late endosome / synaptic vesicle / late endosome membrane / early endosome membrane / postsynaptic membrane / early endosome / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / glutamatergic synapse / synapse / Golgi apparatus / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å | ||||||
データ登録者 | Wan, Y.Z.Q. / Yang, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis of adenine nucleotides regulation and neurodegenerative pathology in ClC-3 exchanger. 著者: Yangzhuoqun Wan / Shuangshuang Guo / Wenxuan Zhen / Lizhen Xu / Xiaoying Chen / Fangyue Liu / Yi Shen / Shuangshuang Liu / Lidan Hu / Xinyan Wang / Fengcan Ye / Qinrui Wang / Han Wen / Fan Yang / 要旨: The ClC-3 chloride/proton exchanger is both physiologically and pathologically critical, as it is potentiated by ATP to detect metabolic energy level and point mutations in ClC-3 lead to severe ...The ClC-3 chloride/proton exchanger is both physiologically and pathologically critical, as it is potentiated by ATP to detect metabolic energy level and point mutations in ClC-3 lead to severe neurodegenerative diseases in human. However, why this exchanger is differentially modulated by ATP, ADP or AMP and how mutations caused gain-of-function remains largely unknow. Here we determine the high-resolution structures of dimeric wildtype ClC-3 in the apo state and in complex with ATP, ADP and AMP, and the disease-causing I607T mutant in the apo and ATP-bounded state by cryo-electron microscopy. In combination with patch-clamp recordings and molecular dynamic simulations, we reveal how the adenine nucleotides binds to ClC-3 and changes in ion occupancy between apo and ATP-bounded state. We further observe I607T mutation induced conformational changes and augments in current. Therefore, our study not only lays the structural basis of adenine nucleotides regulation in ClC-3, but also clearly indicates the target region for drug discovery against ClC-3 mediated neurodegenerative diseases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jgk.cif.gz | 451.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jgk.ent.gz | 374.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jgk_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jgk_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jgk_validation.xml.gz | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jgk_validation.cif.gz | 70.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36237MC 8jevC 8jgjC 8jglC 8jgsC 8jgvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90957.820 Da / 分子数: 2 / 変異: I790R, V791L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clcn3, Clc3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51791 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mClC-3 with ADP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25460 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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