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- PDB-8jfn: Crystal structure of enoyl-ACP reductase FabI in complex with NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jfn
タイトルCrystal structure of enoyl-ACP reductase FabI in complex with NAD+ and crotonyl-ACP from Helicobacter pylori
要素
  • Acyl carrier protein
  • Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / enoyl-ACP reductase (エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)) / FabI (中国の貨幣制度史) / NAD+ (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド) / crotonyl-ACP / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Kdo2-lipid A biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily ...Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-PSR / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Song, W.Y. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077081 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis of Catalysis by SDR Family Members Ketoacyl-ACP Reductase FabG and Enoyl-ACP Reductase FabI in Type-II Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Wang, Y. / Song, W. / Huang, Y. / Mu, Y. / Schmitz, W. / Zhang, S.Y. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Ye, F. / Zhang, L.
履歴
登録2023年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5794
ポリマ－38,4872
非ポリマー1,0922
水1,74797
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,31516
ポリマ－153,9488
非ポリマー4,3678
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area29520 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area47720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.272, 101.816, 126.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

21A-432-

HOH

31A-472-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 29746.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086RSH0
#2: タンパク質 Acyl carrier protein /


分子量: 8740.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: acpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EDC8
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PSR / THIOBUTYRIC ACID S-{2-[3-(2-HYDROXY-3,3-DIMETHYL-4-PHOSPHONOOXY-BUTYRYLAMINO)-PROPIONYLAMINO]-ETHYL} ESTER


分子量: 428.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H29N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate pH 5.5, 15% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19566 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 235980
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.497.70.90618460.8980.9730.3110.9610.93493.8
2.49-2.5910.30.71919070.9670.9910.220.7530.94299.8
2.59-2.711.90.60519360.9790.9950.1770.6310.952100
2.7-2.8512.60.49619480.9830.9960.1430.5170.972100
2.85-3.0213.10.38919500.9880.9970.1110.4050.966100
3.02-3.2612.20.29119490.9860.9970.0880.3050.998100
3.26-3.5813.70.219700.9910.9980.0560.2081.02100
3.58-4.113.50.15319790.9920.9980.0430.1590.97100
4.1-5.1712.40.12419860.9910.9980.0370.130.88100
5.17-5012.70.16320950.9720.9930.0490.171.18100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8JFM

8jfm


解像度: 2.41→40.29 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 803 4.9 %
Rwork0.1833 --
obs0.1858 16395 83.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→40.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 44 97 2848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1193793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.36441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.560.2862670.22811119X-RAY DIFFRACTION37
2.56-2.760.2812910.22581991X-RAY DIFFRACTION64
2.76-3.030.27181860.22212984X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.470.24131470.19923101X-RAY DIFFRACTION100
3.47-4.370.20371530.16833135X-RAY DIFFRACTION100
4.37-40.290.22641590.16053262X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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