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- PDB-8jfi: Crystal structure of 3-oxoacyl-ACP reductase FabG in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jfi
タイトルCrystal structure of 3-oxoacyl-ACP reductase FabG in complex with NADP+ and 3-keto-hexanoyl-ACP from Helicobacter pylori
要素
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
  • Acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / 3-oxoacyl-ACP reductase / FabG / NADP+ / 3-keto-hexanoyl-ACP / Helicobacter pylori
機能・相同性
機能・相同性情報


Kdo2-lipid A biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Acyl carrier protein (ACP) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Acyl carrier protein (ACP) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-UHC / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Zhou, J.S. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077081 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis of Catalysis by SDR Family Members Ketoacyl-ACP Reductase FabG and Enoyl-ACP Reductase FabI in Type-II Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Wang, Y. / Song, W. / Huang, Y. / Mu, Y. / Schmitz, W. / Zhang, S.Y. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Ye, F. / Zhang, L.
履歴
登録2023年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
G: Acyl carrier protein
H: Acyl carrier protein
I: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,32416
ポリマ－185,3659
非ポリマー4,9597
水1,51384
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
G: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
G: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,54712
ポリマ－123,5776
非ポリマー3,9716
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
2
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
H: Acyl carrier protein
I: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,55010
ポリマ－123,5776
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.843, 252.650, 166.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量: 26768.533 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabG, HPPN135_02765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G2M827, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 8251.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: acpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EDC8
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UHC / ~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-oxidanylideneoctanethioate


分子量: 498.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N2O9PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Imidazole pH 7.0, 30% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→126.33 Å / Num. obs: 117507 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.38→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 1.748 / Num. unique obs: 40240 / CC1/2: 0.457

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8JFH

8jfh


解像度: 2.38→63.16 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 2019 5.02 %
Rwork0.2064 --
obs0.2073 40191 55.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→63.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11522 0 317 84 11923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45816194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0844315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.440.412480.3051211X-RAY DIFFRACTION4
2.44-2.510.3429250.3505539X-RAY DIFFRACTION11
2.51-2.580.3684450.3553833X-RAY DIFFRACTION17
2.58-2.660.3179690.36031114X-RAY DIFFRACTION23
2.67-2.760.3407580.34791310X-RAY DIFFRACTION30
2.76-2.870.3358970.31841848X-RAY DIFFRACTION38
2.87-30.27341330.32512144X-RAY DIFFRACTION44
3-3.160.30551260.28882664X-RAY DIFFRACTION54
3.16-3.360.28711860.26393209X-RAY DIFFRACTION66
3.36-3.620.25452300.21554284X-RAY DIFFRACTION87
3.62-3.980.21892480.18934898X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.560.16432810.16234938X-RAY DIFFRACTION100
4.56-5.740.20172480.17385029X-RAY DIFFRACTION100
5.74-63.160.21782650.20045151X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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