PDB-8jfh: Crystal structure of 3-oxoacyl-ACP reductase FabG in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jfh

タイトル

Crystal structure of 3-oxoacyl-ACP reductase FabG in complex with NADP+ and 3-keto-octanoyl-ACP from Helicobacter pylori in an inactive form that priors the acyl substrate delivery

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
Acyl carrier protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / 3-oxoacyl-ACP reductase / FabG / NADP+ / 3-keto-octanoyl-ACP / Helicobacter pylori

機能・相同性

機能・相同性情報

Kdo2-lipid A biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhou, J.S. / Zhang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis of Catalysis by SDR Family Members Ketoacyl-ACP Reductase FabG and Enoyl-ACP Reductase FabI in Type-II Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Wang, Y. / Song, W. / Huang, Y. / Mu, Y. / Schmitz, W. / Zhang, S.Y. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Ye, F. / Zhang, L.

履歴

登録	2023年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jfh.cif.gz	251.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jfh.ent.gz	197.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jfh_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jfh_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8jfh_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	8jfh_validation.cif.gz	81 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jf9C 8jfaC 8jfgSC 8jfiC 8jfjC 8jfmC 8jfnC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

E: Acyl carrier protein

F: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

129 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.942, 117.259, 142.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 分子量: 26768.533 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabG, HPPN135_02765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G2M827, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: タンパク質	Acyl carrier protein 分子量: 9205.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: acpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EDC8

-
非ポリマー , 4種, 1168分子

#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-UHC / ~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 3-oxidanylideneoctanethioate 分子量: 498.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₅N₂O₉PS
#5: 化合物	ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide 分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Imidazole pH 7.0, 30% v/v MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9875 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 106064 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.176 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.184 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 1287047

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	8.5	0.624	10452	0.866	0.963	0.219	0.662	0.994	99.9
1.86-1.94	10.3	0.613	10501	0.917	0.978	0.197	0.644	0.969	100
1.94-2.03	11.5	0.534	10514	0.949	0.987	0.162	0.558	0.983	100
2.03-2.13	12.3	0.474	10484	0.959	0.99	0.14	0.494	1	99.9
2.13-2.27	12.5	0.379	10545	0.972	0.993	0.11	0.395	1.033	100
2.27-2.44	13.5	0.307	10511	0.979	0.995	0.086	0.319	1.029	100
2.44-2.69	13.3	0.247	10594	0.983	0.996	0.07	0.257	0.989	100
2.69-3.08	13	0.186	10657	0.988	0.997	0.053	0.194	0.978	100
3.08-3.88	13.5	0.138	10707	0.991	0.998	0.039	0.144	0.894	100
3.88-50	12.8	0.119	11099	0.991	0.998	0.034	0.124	1.12	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8JFG

8jfg

解像度: 1.8→45.24 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	5273	4.99 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.165	105645	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8376	0	125	1163	9664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8695
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.287	11747
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.92	3173
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	1354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1498

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.2834	159	0.2244	3016	X-RAY DIFFRACTION	91
1.82-1.84	0.2172	175	0.2054	3297	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.86	0.2351	168	0.1914	3294	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.89	0.2222	202	0.1874	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2137	176	0.1805	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.207	161	0.1724	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.96	0.2205	167	0.1614	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.204	197	0.1694	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2254	174	0.1684	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2108	170	0.1689	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.2054	181	0.1713	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2119	172	0.1749	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2138	179	0.1665	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.1803	177	0.1522	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2049	180	0.1655	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.194	164	0.1634	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.202	171	0.1603	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1891	179	0.1627	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.1806	179	0.1672	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.59	0.2112	170	0.1664	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.69	0.1879	201	0.1662	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.79	0.2111	167	0.1712	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.92	0.1898	189	0.1599	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.07	0.1776	200	0.1584	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.27	0.1604	171	0.1589	3389	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.1744	158	0.1502	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.87	0.1687	157	0.1473	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.43	0.1696	176	0.1461	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-5.58	0.1629	186	0.1526	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
5.58-45.24	0.1951	167	0.1844	3593	X-RAY DIFFRACTION	99

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