PDB-8jeb: Crystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, mannotetraose-b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jeb

タイトル

Crystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, mannotetraose-bound form (CGL1/Man(alpha)1-2Man(alpha)1-2Man(alpha)1-6Man)

要素

Natterin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Crassostrea gigas / CGL1 / Mannotetraose / Man4 / complex structure

機能・相同性

DM9 repeat / DM9 repeat / Repeats found in Drosophila proteins. / metal ion binding / ACETIC ACID / Natterin-3

機能・相同性情報

生物種

Crassostrea gigas (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Unno, H. / Hatakeyama, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Mannose oligosaccharide recognition of CGL1, a mannose-specific lectin containing DM9 motifs from Crassostrea gigas, revealed by X-ray crystallographic analysis.
著者: Hatakeyama, T. / Masuda, K. / Kudo, M. / Tanaka, K. / Takeuchi, A. / Unno, H.

履歴

登録	2023年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jeb.cif.gz	83 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jeb.ent.gz	58 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jeb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jeb_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jeb_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8jeb_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	8jeb_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jeb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8jeb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8je9C 8jeaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Natterin-3

A: Natterin-3

ヘテロ分子

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Natterin-3

A: Natterin-3

ヘテロ分子

B: Natterin-3

A: Natterin-3

ヘテロ分子

B: Natterin-3

A: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
98.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.400, 82.495, 44.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Natterin-3 分子量: 15447.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 参照: UniProt: K1QRB6

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 318分子

#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→44.201 Å / Num. obs: 68918 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / R_merge(I) obs: 0.747 / Num. unique obs: 3007 / CC_1/2: 0.837

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→44.201 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / WR_factor R_free: 0.167 / WR_factor R_work: 0.151 / SU B: 0.786 / SU ML: 0.032 / Average fsc free: 0.9718 / Average fsc work: 0.9774 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046
詳細: The chirality error is due to by the orientations and interactions between residues and ligands in the protein-ligand complex structure. Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1745	3467	5.035 %
R_work	0.1564	65391	-
all	0.157	-	-
obs	-	68858	99.183 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→44.201 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	115	308	2603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.661	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.579	1.572	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.398	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.192	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.654	10	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.681	10	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.313	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.735	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.092	1.411	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.057	1.406	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.483	2.528	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.483	2.528	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.005	1.679	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.004	1.68	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.286	2.961	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.285	2.961	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.867	19.326	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.812	17.924	2544

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.284	223	0.269	4350	0.27	5028	0.935	0.941	90.9507	0.213
1.334-1.37	0.274	247	0.248	4573	0.249	4928	0.944	0.953	97.8084	0.189
1.37-1.41	0.233	245	0.21	4547	0.211	4792	0.963	0.968	100	0.161
1.41-1.453	0.234	239	0.2	4426	0.202	4666	0.957	0.972	99.9786	0.158
1.453-1.501	0.212	227	0.188	4353	0.189	4580	0.968	0.975	100	0.148
1.501-1.554	0.199	202	0.172	4174	0.173	4378	0.973	0.98	99.9543	0.136
1.554-1.612	0.186	219	0.158	4024	0.159	4243	0.978	0.984	100	0.13
1.612-1.678	0.19	175	0.155	3901	0.157	4076	0.977	0.984	100	0.129
1.678-1.752	0.198	184	0.147	3750	0.149	3934	0.977	0.986	100	0.127
1.752-1.838	0.158	217	0.147	3574	0.148	3791	0.983	0.987	100	0.128
1.838-1.937	0.169	179	0.148	3368	0.149	3547	0.983	0.987	100	0.135
1.937-2.054	0.167	185	0.147	3216	0.148	3401	0.984	0.987	100	0.137
2.054-2.196	0.162	207	0.143	3009	0.144	3216	0.986	0.988	100	0.136
2.196-2.371	0.151	169	0.142	2813	0.143	2982	0.985	0.988	100	0.142
2.371-2.597	0.192	139	0.154	2647	0.156	2786	0.978	0.985	100	0.155
2.597-2.902	0.18	113	0.16	2371	0.161	2484	0.979	0.984	100	0.168
2.902-3.348	0.168	93	0.154	2161	0.155	2254	0.983	0.985	100	0.169
3.348-4.095	0.131	73	0.133	1832	0.133	1905	0.991	0.99	100	0.151
4.095-5.767	0.129	76	0.129	1444	0.129	1520	0.992	0.991	100	0.154
5.767-44.201	0.216	55	0.197	858	0.198	913	0.978	0.977	100	0.224

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