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- PDB-8jea: Crystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, mannotriose-bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jea
タイトルCrystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, mannotriose-bound form (CGL1/Man(alpha)1-2Man(alpha)1-2Man)
要素Natterin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Crassostrea gigas / CGL1 / Mannotriose / Man3 / complex structure
機能・相同性DM9 repeat / DM9 repeat / Repeats found in Drosophila proteins. / metal ion binding / ACETIC ACID / CACODYLATE ION / alpha-D-mannopyranose / Natterin-3
機能・相同性情報
生物種Crassostrea gigas (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Unno, H. / Hatakeyama, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other government 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Mannose oligosaccharide recognition of CGL1, a mannose-specific lectin containing DM9 motifs from Crassostrea gigas, revealed by X-ray crystallographic analysis.
著者: Hatakeyama, T. / Masuda, K. / Kudo, M. / Tanaka, K. / Takeuchi, A. / Unno, H.
履歴
登録2023年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Natterin-3
B: Natterin-3
C: Natterin-3
D: Natterin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,27914
ポリマ－61,7904
非ポリマー1,48810
水14,682815
1
A: Natterin-3
D: Natterin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6998
ポリマ－30,8952
非ポリマー8046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
2
B: Natterin-3
C: Natterin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5806
ポリマ－30,8952
非ポリマー6854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.734, 58.674, 108.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.657, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Natterin-3


分子量: 15447.538 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 参照: UniProt: K1QRB6

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a6-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 822分子

#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→39.771 Å / Num. obs: 292966 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 0.97→0.99 Å / Rmerge(I) obs: 1.021 / Num. unique obs: 14427 / CC1/2: 0.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.97→39.771 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / WRfactor Rfree: 0.188 / WRfactor Rwork: 0.172 / Average fsc free: 0.9694 / Average fsc work: 0.9717 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 14810 5.056 %
Rwork0.1751 278118 -
all0.176 --
obs-292928 99.988 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 11.064 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.001 Å2-0 Å2-0.001 Å2
2--0.015 Å2-0 Å2
3----0.013 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→39.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 95 815 5270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0124640
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7991.6526315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9931.5679853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.245590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.098516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80210724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg18.91510193
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2120.23800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1070.22333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2960.241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1190.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1421.0492303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1421.0492303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2211.582861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2211.5812862
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9281.3062337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9291.3062338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9311.8633439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9311.8633440
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.37438.2225361
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.34137.6785316
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr15.56238862
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
0.97-0.9950.29210950.287205210.288216290.9390.94199.93990.246
0.995-1.0220.26610750.266198800.266209550.9510.9511000.222
1.022-1.0520.2439870.245195220.245205100.960.95999.99510.203
1.052-1.0840.2479650.232188790.233198440.9590.9641000.191
1.084-1.120.2159350.214183330.214192680.9690.971000.177
1.12-1.1590.219050.198177560.199186610.9720.9741000.166
1.159-1.2030.219290.193171560.194180850.9720.9751000.164
1.203-1.2520.2028990.196163890.196172880.9740.9751000.166
1.252-1.3080.2098630.191157330.192165960.9710.9761000.166
1.308-1.3710.2068070.186151560.188159630.9740.9771000.164
1.371-1.4450.1868000.179142890.179150890.9770.981000.16
1.445-1.5330.1946990.169136230.17143220.9770.9821000.155
1.533-1.6390.1866630.162128030.163134670.9790.98399.99260.154
1.639-1.770.1836540.163119020.164125570.980.98499.9920.16
1.77-1.9380.1755910.159109450.16115380.9810.98599.98270.164
1.938-2.1660.1745630.15799150.158104790.9830.98599.99050.17
2.166-2.50.1695050.15987600.15992730.9820.98599.91370.178
2.5-3.0590.1854000.16374610.16478640.9790.98499.96190.192
3.059-4.3140.1593090.14957880.1560980.9860.98799.98360.186
4.314-39.7710.1671660.16233070.16234740.9850.98699.97120.208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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