PDB-8jbn: Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jbn

タイトル

Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase in complex with Cpd-1

要素

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

キーワード

HYDROLASE / Protein tyrosine phosphatase / FBDD / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

glial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / dephosphorylation / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / angiogenesis / receptor complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Orita, T. / Furuzono, T. / Doi, S. / Adachi, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Fragment-Based Discovery of Novel VE-PTP Inhibitors Using Orthogonal Biophysical Techniques.
著者: Asano, W. / Yamanaka, K. / Ohara, Y. / Uhara, T. / Doi, S. / Orita, T. / Iwanaga, T. / Adachi, T. / Fujioka, S. / Akaki, T. / Ikegashira, K. / Hantani, Y.

履歴

登録	2023年5月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jbn.cif.gz	388.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jbn.ent.gz	291.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jbn_validation.pdf.gz	714.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jbn_full_validation.pdf.gz	715.4 KB	表示
XML形式データ	8jbn_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	8jbn_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jbyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (12)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (5)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.467, 123.467, 178.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-6237- HOH

#1: タンパク質	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta / Protein-tyrosine phosphatase beta / R-PTP-beta / Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase / VE-PTP 分子量: 34056.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRB, PTPB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23467, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-U7C / 5-(1~{H}-indol-3-yl)-1,2-oxazole-3-carboxylic acid 分子量: 228.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 100mM HEPES, 9.5%(v/v) PEG 6000, 8.8%(v/v) ethylene glycol, soaking the crystal with 6.25 mM Cpd-1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→91.78 Å / Num. obs: 104165 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 36.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 19.5 % / R_merge(I) obs: 3.232 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3785 / CC_1/2: 0.71 / R_pim(I) all: 0.736 / R_rim(I) all: 3.316 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→53.46 Å / SU ML: 0.2083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.7424
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	5198	4.99 %
R_work	0.1693	98967	-
obs	0.1707	104165	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→53.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4533	0	44	371	4948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	4739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5801	6439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444	685
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.124	1772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.01	0.2666	202	0.2673	3207	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.01-2.04	0.2747	146	0.2601	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.04-2.06	0.2712	183	0.2392	3292	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.06-2.09	0.2872	193	0.2334	3264	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.09-2.11	0.2831	159	0.2264	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.11-2.14	0.2675	172	0.2356	3290	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.14-2.17	0.2459	180	0.2191	3307	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.17-2.21	0.2827	179	0.209	3284	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.21-2.24	0.2485	223	0.1896	3271	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.24-2.28	0.1969	197	0.1851	3226	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.28-2.32	0.2018	186	0.1792	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.32-2.36	0.2157	157	0.1766	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.36-2.4	0.189	187	0.1809	3267	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.4-2.45	0.2423	173	0.1774	3289	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.45-2.51	0.2131	193	0.1627	3296	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.51-2.57	0.2083	141	0.1696	3350	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.57-2.63	0.207	163	0.1818	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.63-2.7	0.2593	155	0.1696	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.7-2.78	0.1865	171	0.1769	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.78-2.87	0.2172	189	0.1789	3325	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.87-2.97	0.1882	173	0.1669	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.97-3.09	0.1858	188	0.1658	3322	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.09-3.23	0.2009	145	0.1592	3289	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.23-3.4	0.1993	148	0.1722	3340	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.4-3.62	0.1808	149	0.158	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.89	0.1684	164	0.1462	3326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.29	0.1436	154	0.1325	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.91	0.1382	191	0.129	3245	X-RAY DIFFRACTION	98.82
4.91-6.18	0.2168	140	0.1606	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
6.18-53.46	0.2213	197	0.2046	3279	X-RAY DIFFRACTION	99.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.589773367538	0.203777443216	-0.423859450431	0.587719286914	-0.607748370201	0.713321468176	0.0424234446726	-0.206391028863	0.434812571667	0.385192148378	0.0568994040768	-0.122674189293	-0.625713586043	0.410236613885	-1.1624191864E-6	0.490024963701	-0.0498646107601	-0.0111738908716	0.520298517091	-0.0550940719981	0.489840229977	40.6955405978	84.5438565304	-6.84717376229
2	3.25135284456	0.267605412469	-1.09574675771	1.51667362172	0.738903708253	2.51051562842	0.0183084929151	-0.366344580066	-0.382218442069	0.266902957346	-0.12824698941	-0.228749034018	0.304827108441	0.0535347869771	-0.00705863627476	0.245578635599	-0.00189248175239	-0.0503072143957	0.412027301798	0.00910272288181	0.308071054688	33.5533642685	56.2125648072	5.29641371462
3	1.73646079716	0.134200783037	-0.953962204986	2.25297525512	0.41618141343	0.627524908597	0.0664010626364	-0.165816714622	-0.184996264595	-0.0919600986181	-0.15388756889	0.339953838934	0.261340590617	-0.181163968075	-3.47810964606E-7	0.318877723438	-0.0812043281815	0.0190000078691	0.491938531331	-0.0640261663733	0.311087670155	21.4032018078	61.6413293437	9.02181569123
4	2.57131222421	1.17908283499	-0.820523375336	2.22424574363	-0.313377436794	2.78074000469	0.224828678193	-0.383376683722	0.234100481837	0.302131790944	-0.237083205369	0.31455711584	-0.171023362206	-0.17759732872	-0.00281961782774	0.293289614805	-0.0203932984584	0.0304974008414	0.47676071302	-0.133382173953	0.311895954544	24.6433194652	72.3752648981	9.16557068922
5	0.250214311679	0.185933641595	0.104639691858	0.638425379589	0.585463447057	0.608366994909	-0.0227425888178	-0.619101541996	-0.564883326955	0.861480593266	0.002768370743	-0.528412556455	0.202549796855	0.787550695369	-0.00150213461141	0.700475709365	0.217051431351	-0.0650998394507	0.738725471399	0.0969157167386	0.854338891011	22.9980669939	25.4338209215	6.74162151378
6	0.55519660932	0.260412141164	-0.0544157357585	0.372290920067	0.273752735519	0.361845463012	0.00248943369249	-0.182964846359	-0.140290940142	-0.280951703771	0.245809690244	-0.249394508158	-0.0431490553529	0.313648874396	3.61905248258E-5	0.254476423585	-0.0289382145589	0.00460790221212	0.462789357709	-0.0523072483476	0.35444707396	19.8765911028	45.400484036	-3.18884045069
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8	2.71654152387	0.227645725908	-0.397226197349	2.01778447196	-0.451723966739	2.17524892273	0.0524526807021	-0.163497076807	-0.111022791673	0.11105201036	0.0210630416283	-0.0579895186304	0.0929812745087	0.0188790491665	4.31056290556E-7	0.211817205355	-0.00884353240172	-0.0176844902338	0.337987753313	0.0239509064068	0.292944689312	5.05427123278	39.8117674542	-1.74499489954
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13	0.352716413235	-0.0818561903196	-0.250877955408	0.234371770836	0.0405313172278	0.180324875823	0.156272489229	-0.474750927577	-0.350261100228	0.743307076248	-0.109331871758	0.00792820662707	1.00627548497	0.0788125681945	0.0132678343034	0.988882994293	-0.0386795647417	-0.0804747259492	0.648710810996	0.269158632149	0.649456234368	7.35611044939	19.4872273606	14.2732909551

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1687 through 1710 )	A	A	1687 - 1710	1 - 24
2	2	chain 'A' and (resid 1711 through 1782 )	A	A	1711 - 1782	25 - 96
3	3	chain 'A' and (resid 1783 through 1810 )	A	A	1783 - 1810	97 - 124
4	4	chain 'A' and (resid 1811 through 1968 )	A	A	1811 - 1968	125 - 282
5	5	chain 'B' and (resid 1696 through 1720 )	B	E	1696 - 1720	1 - 25
6	6	chain 'B' and (resid 1721 through 1740 )	B	E	1721 - 1740	26 - 45
7	7	chain 'B' and (resid 1741 through 1763 )	B	E	1741 - 1763	46 - 68
8	8	chain 'B' and (resid 1764 through 1810 )	B	E	1764 - 1810	69 - 115
9	9	chain 'B' and (resid 1811 through 1850 )	B	E	1811 - 1850	116 - 155
10	10	chain 'B' and (resid 1851 through 1892 )	B	E	1851 - 1892	156 - 197
11	11	chain 'B' and (resid 1893 through 1926 )	B	E	1893 - 1926	198 - 231
12	12	chain 'B' and (resid 1927 through 1949 )	B	E	1927 - 1949	232 - 254
13	13	chain 'B' and (resid 1950 through 1968 )	B	E	1950 - 1968	255 - 273

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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