PDB-8jby: Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jby

タイトル

Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase in complex with Cpd-2

要素

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

キーワード

HYDROLASE / Protein tyrosine phosphatase / FBDD / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

glial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / dephosphorylation / tertiary granule membrane / specific granule membrane / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Orita, T. / Furuzono, T. / Doi, S. / Adachi, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Fragment-Based Discovery of Novel VE-PTP Inhibitors Using Orthogonal Biophysical Techniques.
著者: Asano, W. / Yamanaka, K. / Ohara, Y. / Uhara, T. / Doi, S. / Orita, T. / Iwanaga, T. / Adachi, T. / Fujioka, S. / Akaki, T. / Ikegashira, K. / Hantani, Y.

履歴

登録	2023年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jby.cif.gz	284.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jby.ent.gz	204.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jby	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

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PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (12)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (5)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

69.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.692, 123.692, 181.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta / Protein-tyrosine phosphatase beta / R-PTP-beta / Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase / VE-PTP 分子量: 34056.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRB, PTPB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23467, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-U7L / 4-(hydroxymethyl)-5-(1-methylindol-3-yl)-1,2-oxazole-3-carboxylic acid 分子量: 272.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 100mM HEPES, 9.5%(v/v) PEG 6000, 8.8%(v/v) ethylene glycol, soaking the crystal with 6.25 mM Cpd-2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→92.28 Å / Num. obs: 56401 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 42.63 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / R_merge(I) obs: 1.216 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3864 / CC_1/2: 0.886 / R_pim(I) all: 0.275 / R_rim(I) all: 1.247

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→61.85 Å / SU ML: 0.2473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.5501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2074	2780	4.93 %
R_work	0.1834	53584	-
obs	0.1845	56364	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→61.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4567	0	78	298	4943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	4773
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5727	6481
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0441	686
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	839
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9627	1780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.02	0.2952	136	0.3045	2618	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.02-2.06	0.3177	141	0.2752	2607	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.06-2.1	0.3152	129	0.2389	2601	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.1-2.14	0.255	142	0.2251	2604	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.14-2.19	0.2228	135	0.2021	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.19-2.24	0.2211	140	0.2035	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.24-2.3	0.2388	135	0.1997	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.3-2.36	0.2743	124	0.2116	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.36-2.43	0.2444	148	0.2219	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.43-2.51	0.2403	154	0.2242	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.51-2.6	0.2546	133	0.2127	2636	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.6-2.7	0.2503	152	0.2015	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.7-2.82	0.2443	141	0.1893	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.82-2.97	0.2199	143	0.1924	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.97-3.16	0.2281	141	0.2031	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.16-3.4	0.2511	130	0.1828	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.4-3.75	0.1786	158	0.1665	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.29	0.1581	127	0.1538	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.29-5.4	0.151	135	0.1445	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.29
5.4-61.85	0.2058	136	0.1902	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3424295097	1.37589920063	1.42194874482	7.93192819984	-2.72080479269	6.98097861165	0.158610573695	-0.667953410323	0.530725457486	-0.00718063688228	-0.16342742963	-0.199972957879	-0.670502143584	0.572303131663	0.0346195416634	0.297212777258	-0.0777449162572	0.0220855561668	0.572702339213	-0.0790395457958	0.474315325456	40.2494895998	85.3161591434	-5.93386357817
2	4.45872398324	1.53538954513	-0.77474815153	6.51617541213	-0.67734387659	4.02257591604	0.0494100417309	-0.327509177198	-0.811305274498	0.452490121399	-0.220388569076	-0.460259934327	0.649221932607	-0.00542553562813	0.17904631426	0.306009078371	-0.0409090889252	-0.0142748150317	0.426444683191	-0.0193804895781	0.372522710827	33.7482293799	53.4714749004	3.63540216866
3	4.54709721346	1.07749698929	-0.492474837359	4.74215844143	0.0596407670257	4.06148620007	0.0869787904359	-0.217489868691	-0.035819986619	0.526758163934	-0.0580109617582	0.469268967114	0.213013374653	-0.354543581167	-0.077234021976	0.369478145167	-0.103267357584	0.0854965372541	0.478208374278	-0.0727623527032	0.336421119544	19.8479836617	61.9093710942	10.9595553025
4	2.66436516748	0.510812053682	-1.19109159764	2.83019049767	0.342507468658	3.35453616169	0.173939332196	-0.351610975355	0.149368869688	0.435474831147	-0.121263193201	0.284680299028	-0.00429841150869	-0.0606222392909	-0.0612964099066	0.376898981958	-0.071437023391	0.0379509567321	0.515112406468	-0.112109839964	0.378488282104	25.9010565345	72.6242041349	9.50442472381
5	7.47492663254	0.684720363313	0.661062239174	4.12445737149	4.49362056684	5.10161081718	0.188237639212	0.0513971008778	0.890019949331	-0.7303176993	-0.455520509117	0.614784183019	-0.988365066868	-0.45037249131	0.222267351602	0.495473301262	0.0133538002046	0.0265417395116	0.427187108982	-0.0606974721361	0.442628158634	30.6687224542	87.4439064672	0.956866678122
6	7.2013121066	-2.57449505264	2.86495094051	9.71274779511	-6.80012656583	4.92314023322	0.17330066463	-0.485677166822	-0.428327126631	0.892482368188	-0.760597259983	-0.64018709312	0.278417248676	0.991967755028	0.975448488142	1.21518886592	0.241953465235	-0.196097867212	0.812537810631	0.110137101716	0.888120677336	19.7305230575	17.6537489182	15.5691211247
7	4.44843413375	1.45082990834	-0.943071461067	8.1883565226	1.15238490205	4.9565055506	0.0680090429737	0.0738157009827	-0.0549226681594	-0.476399278939	0.129527817252	-0.311198554276	-0.117785258819	0.324949419509	-0.115167429639	0.233546168449	-0.0500827229691	0.0271315770075	0.429571622158	-0.0495734933232	0.308392468273	18.3667405784	41.8976927136	-5.92919954751
8	5.03721747953	-0.148079736256	-0.130799984084	2.95080173192	0.327162364403	2.74670562025	0.127074022191	-0.305404281355	0.143838603032	0.233971764052	-0.0363984631465	0.140555440464	0.0201638378463	-0.161233246908	-0.0625512713124	0.266331742144	-0.0466326871982	-0.00753529000551	0.341467592277	0.0302516899694	0.308338069431	-0.10987400265	42.3591436798	-0.810465152166
9	4.62373946784	-0.837806876891	1.17431849252	3.09844910762	0.416579277128	4.40781183431	0.151536560491	-0.339062246219	-0.479244349018	0.297431060324	-0.10684114984	0.282572578945	0.411958070709	-0.149735409531	-0.00438316856426	0.273860531469	-0.109640040245	0.0758384303184	0.416355108802	0.0971204261742	0.418359965345	-2.95042392963	34.3826985198	3.31421108037
10	2.83713582707	-0.308253394442	0.106380554195	8.18581235473	-0.893163341132	5.36514877518	0.163689413909	-0.221694781088	-0.743027428699	0.0168058831272	0.0473302640789	0.0932983504401	0.931226468172	-0.0629558921335	-0.136647398983	0.386124434329	-0.0185915162478	-0.0158153195043	0.37616681134	0.11797418428	0.449464476763	3.53718756234	28.1788318424	0.941146938924
11	5.28302182059	2.24104955049	-2.14514893127	4.4792390736	-1.48437860578	5.34558224698	-0.0492740712328	-0.501099593721	-1.01807901688	0.486407442254	0.0281468789233	-0.401029657175	0.954000447474	0.0244328435977	0.123938761893	0.71029977233	0.0848646299742	-0.128957380356	0.482732739893	0.197362240166	0.682910701138	10.6407827559	21.8013631408	7.66719769524

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1685 through 1710 )	A	A	1685 - 1710	1 - 26
2	2	chain 'A' and (resid 1711 through 1763 )	A	A	1711 - 1763	27 - 79
3	3	chain 'A' and (resid 1764 through 1837 )	A	A	1764 - 1837	80 - 153
4	4	chain 'A' and (resid 1838 through 1949 )	A	A	1838 - 1949	154 - 265
5	5	chain 'A' and (resid 1950 through 1971 )	A	A	1950 - 1971	266 - 287
6	6	chain 'B' and (resid 1694 through 1709 )	B	F	1694 - 1709	1 - 16
7	7	chain 'B' and (resid 1710 through 1759 )	B	F	1710 - 1759	17 - 63
8	8	chain 'B' and (resid 1760 through 1850 )	B	F	1760 - 1850	64 - 154
9	9	chain 'B' and (resid 1851 through 1892 )	B	F	1851 - 1892	155 - 196
10	10	chain 'B' and (resid 1893 through 1926 )	B	F	1893 - 1926	197 - 230
11	11	chain 'B' and (resid 1927 through 1968 )	B	F	1927 - 1968	231 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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