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- PDB-8jbn: Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jbn | ||||||
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Title | Vascular endothelial protein tyrosine phosphatase in complex with Cpd-1 | ||||||
![]() | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() glial cell migration / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Orita, T. / Furuzono, T. / Doi, S. / Adachi, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Fragment-Based Discovery of Novel VE-PTP Inhibitors Using Orthogonal Biophysical Techniques. Authors: Asano, W. / Yamanaka, K. / Ohara, Y. / Uhara, T. / Doi, S. / Orita, T. / Iwanaga, T. / Adachi, T. / Fujioka, S. / Akaki, T. / Ikegashira, K. / Hantani, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 388.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 291.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8jbyC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 34056.469 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-U7C / | Mass: 228.204 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C12H8N2O3 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-EPE / | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.69 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 100mM HEPES, 9.5%(v/v) PEG 6000, 8.8%(v/v) ethylene glycol, soaking the crystal with 6.25 mM Cpd-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.99→91.78 Å / Num. obs: 104165 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.04 Å / Redundancy: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 3.232 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3785 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.736 / Rrim(I) all: 3.316 / % possible all: 99.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→53.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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