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- PDB-8jb8: Crystal structure of CMY-185 complex with ceftazidime -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jb8
タイトルCrystal structure of CMY-185 complex with ceftazidime
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase / CMY-2-like
機能・相同性ACYLATED CEFTAZIDIME
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kawai, A. / Doi, Y.
資金援助 米国, 日本, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI151362 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI104895 米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K06267 日本
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the molecular mechanism of high-level ceftazidime-avibactam resistance conferred by CMY-185.
著者: Kawai, A. / Shropshire, W.C. / Suzuki, M. / Borjan, J. / Aitken, S.L. / Bachman, W.C. / McElheny, C.L. / Bhatti, M.M. / Shields, R.K. / Shelburne, S.A. / Doi, Y.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9024
ポリマ－79,9632
非ポリマー9392
水3,243180
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4512
ポリマ－39,9821
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4512
ポリマ－39,9821
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.143, 89.266, 104.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 39981.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This CMY-185 protein is a N-terminus signal peptide truncated mutant (truncated residues: 1-22) of WCB91330.1
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CMY-185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CAZ / ACYLATED CEFTAZIDIME


分子量: 469.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24% PEG 20,000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.2 Å / Num. obs: 30373 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 37.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.96
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique obs: 4823 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→45.18 Å / SU ML: 0.2667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9832
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 1519 5.01 %
Rwork0.1862 28800 -
obs0.1885 30319 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5498 0 62 180 5740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00555716
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74157802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0468835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.75572038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.30571350.24192565X-RAY DIFFRACTION98.86
2.48-2.570.28671360.24382578X-RAY DIFFRACTION99.82
2.57-2.670.28991340.23512542X-RAY DIFFRACTION99.78
2.67-2.790.27181380.21772625X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-2.940.25851370.21312584X-RAY DIFFRACTION99.96
2.94-3.120.26111370.21662619X-RAY DIFFRACTION99.96
3.12-3.360.2491370.20062592X-RAY DIFFRACTION99.93
3.36-3.70.21221380.17542626X-RAY DIFFRACTION99.86
3.7-4.240.21621390.1612631X-RAY DIFFRACTION99.78
4.24-5.340.20531400.15242665X-RAY DIFFRACTION99.89
5.34-45.180.1841480.16892773X-RAY DIFFRACTION99.25
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.595108852964.40504604212-1.794858101159.33958005304-4.082731846964.220758049880.531176874179-0.4900476181660.7190790917391.43759353314-0.3880293376610.541992999481-0.869439624709-0.0580483386249-0.04708852876580.491196971067-0.06015031744590.03000793611580.521799848735-0.07809334097690.384315381984-7.251282893393.1456702745-13.2956574397
22.894556019820.0629061341742-0.4631509498711.54268188823-0.1340124128651.40888276107-0.005860329750020.1375454634260.1825345160870.0687844782557-0.02612711052820.0304804399053-0.0508610097171-0.0399677749170.02952834229030.264489938162-0.0157659755919-0.05928258685310.3313737156990.01123655129640.280794798023-8.17274268241-0.963786792021-29.6057697723
33.97911049619-0.133872099177-1.698407509342.95879225978-0.3768822937392.485926427230.1664639169110.758088899543-0.193867489319-0.589790135026-0.390463405223-0.5767976007530.0516210423674-0.06570053372320.2466873613960.4511170731550.09154770053380.08905783835740.4281591360730.04322367680490.3988172869887.9197968178-12.9126674383-46.9367880767
41.81873512572-1.61744845178-0.2903649020084.409379736910.2546779468931.74188478830.1387590951650.214241281253-0.0829686115149-0.145798189672-0.07839402125280.265133821831-0.0210783635122-0.0769824313628-0.05398210333890.267676163148-0.0191951748813-0.01686270414430.3779540430980.03903640327790.283680002654-7.43221615624-3.93356527905-36.5146141277
53.64078454058-0.866752066658-1.402408929921.00332819977-0.8000659121543.46504270259-0.14047996627-0.00436382532876-0.06947268652560.261987913547-0.3089825985-0.28883259513-0.104053679683-0.01079190544190.3959958069970.4126841222970.00808783726428-0.03085963690240.4298147482890.1403197858070.5045708499378.76940820889-16.8780645664-26.3047521211
62.51880792324-1.36891679157-0.5233494541733.003800054420.06440742176181.04135350611-0.0922308070766-0.5014934603690.07776833913850.3969627499970.011477041331-0.19831195522-0.1162752194290.2007119838860.06252211337340.361756021867-0.0445256473064-0.03692469175030.4580635344930.04404724986480.3643586657630.108813212797-4.02395267858-22.0981163743
72.331714900161.687921564430.9632568771736.564584367153.76598965444.899501869190.251412696484-0.218809321825-0.412733565421.097443254110.0672134655952-0.5034230755910.6029149297910.362213682992-0.2943559406010.417243043849-0.022564404321-0.1147881497290.3330226612280.09346002946320.42282342946647.715436607511.4369501115-13.1458537219
81.78599430661-0.7485662260370.3208433455892.79354108396-0.6112345560461.167366935450.1125531366140.181425541806-0.00556025331803-0.120112875605-0.0840174612943-0.252012488490.0009941904228520.0119398033397-0.007153274920190.277241073501-0.002354624237410.01879973637910.2609786766930.0001042098703910.22596542411644.999384091920.8274444231-34.6856774576
93.90748305713-0.1625106307220.6150446449562.498172241990.1815920087131.821698798390.1076913073490.58827383244-0.0774841755378-0.524755379144-0.269007969570.09494405148570.0382763591336-0.04614230683340.1641549304550.4194130492350.08295702889160.006942058393260.325672326509-0.005476346483530.21736575532334.833351043625.3683502047-45.0822265882
101.39005712791-0.2717155407410.4341060899814.730089409830.7046718491441.220368929210.3716397316060.127474074776-0.0597641724656-0.22138749885-0.315741132662-0.4511318708280.2302469727180.00988477835982-0.08189069391790.3120092844940.05399956035020.03406315697410.298831280650.03529575413070.27549729827546.136867537713.2536885572-36.7355529645
114.00414829915-0.5998065762790.2782949090323.172596926320.3031433145313.098385212570.110856858571-0.223704476934-0.1636405168660.330591339585-0.172621340925-0.0441174192370.08676009087870.03564959601080.1078189850220.325186097221-0.0197615007373-0.03415198202650.1969065586560.001837831420320.24441569713136.597307352133.0201785403-27.4139042613
122.20681445821-1.931291934760.5076610254693.26007322706-1.220994024150.519010489071-0.0185247267175-0.08035653534720.1472275287570.445475612229-0.133820451169-0.045609489542-0.170194885862-0.1280427413450.166375466230.377477962477-0.06261953961070.01250709588270.290679181832-0.002180256571060.23546456689940.440420785418.8039979304-21.9669881226
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 23 )AA2 - 231 - 22
22chain 'A' and (resid 24 through 80 )AA24 - 8023 - 79
33chain 'A' and (resid 81 through 182 )AA81 - 18280 - 181
44chain 'A' and (resid 183 through 255 )AA183 - 255182 - 254
55chain 'A' and (resid 256 through 310 )AA256 - 310255 - 303
66chain 'A' and (resid 311 through 361 )AA311 - 361304 - 354
77chain 'B' and (resid 2 through 23 )BB2 - 231 - 22
88chain 'B' and (resid 24 through 98 )BB24 - 9823 - 97
99chain 'B' and (resid 99 through 192 )BB99 - 19298 - 191
1010chain 'B' and (resid 193 through 238 )BB193 - 238192 - 237
1111chain 'B' and (resid 239 through 310 )BB239 - 310238 - 302
1212chain 'B' and (resid 311 through 361 )BB311 - 361303 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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