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- PDB-8jad: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jad
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY in complex with trehalose analogue YB-17
要素Trehalose-binding lipoprotein LpqY
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ペリプラズム / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
安息香酸 / Trehalose-binding lipoprotein LpqY
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, B. / Liang, J. / Rao, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200983 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Molecular recognition of trehalose and trehalose analogues by LpqY-SugABC.
著者: Jingxi Liang / Fengjiang Liu / Peng Xu / Wei Shangguan / Tianyu Hu / Shule Wang / Xiaolin Yang / Zhiqi Xiong / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Biao Yu / Zihe Rao / Bing Zhang /
要旨: Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter ...Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter . The substrate-binding protein, LpqY, which forms a stable complex with the translocator SugABC, recognizes and captures trehalose and its analogues in the periplasmic space, but the precise molecular mechanism for this process is still not well understood. This study reports a 3.02-Å cryoelectron microscopy structure of trehalose-bound LpqY-SugABC in the pretranslocation state, a crystal structure of LpqY in a closed form with trehalose bound and five crystal structures of LpqY in complex with different trehalose analogues. These structures, accompanied by substrate-stimulated ATPase activity data, reveal how LpqY recognizes and binds trehalose and its analogues, and highlight the flexibility in the substrate binding pocket of LpqY. These data provide critical insights into the design of trehalose analogues that could serve as potential molecular probe tools or as anti-TB drugs.
履歴
登録2023年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8439
ポリマ－49,8031
非ポリマー1,0408
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.591, 63.000, 143.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Trehalose-binding lipoprotein LpqY / SugABC transporter substrate-binding protein LpqY / SugABC transporter SBP LpqY


分子量: 49803.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: lpqY
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGU9
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-6-amino-6-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 341.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_6*N]/1-2/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp6N]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸 / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Magnesium sulfate hydrate, 50 mM HEPES sodium pH 7.0 and 1.6 M Lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 23864 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 13.06
反射 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Num. unique obs: 2323 / CC1/2: 0.774

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660: ???精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 --
Rwork0.216 --
obs-23864 99.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 40.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3274 0 61 72 3407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76314673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.58982010

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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