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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jac | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY in complex with trehalose analogue YB-16 | |||||||||
要素 | Trehalose-binding lipoprotein LpqY | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, B. / Liang, J. / Rao, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Molecular recognition of trehalose and trehalose analogues by LpqY-SugABC. 著者: Jingxi Liang / Fengjiang Liu / Peng Xu / Wei Shangguan / Tianyu Hu / Shule Wang / Xiaolin Yang / Zhiqi Xiong / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Biao Yu / Zihe Rao / Bing Zhang / 要旨: Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter ...Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter . The substrate-binding protein, LpqY, which forms a stable complex with the translocator SugABC, recognizes and captures trehalose and its analogues in the periplasmic space, but the precise molecular mechanism for this process is still not well understood. This study reports a 3.02-Å cryoelectron microscopy structure of trehalose-bound LpqY-SugABC in the pretranslocation state, a crystal structure of LpqY in a closed form with trehalose bound and five crystal structures of LpqY in complex with different trehalose analogues. These structures, accompanied by substrate-stimulated ATPase activity data, reveal how LpqY recognizes and binds trehalose and its analogues, and highlight the flexibility in the substrate binding pocket of LpqY. These data provide critical insights into the design of trehalose analogues that could serve as potential molecular probe tools or as anti-TB drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jac.cif.gz | 101.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jac.ent.gz | 74.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8jac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8jac | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49803.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: lpqY, Rv1235 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGU9 | ||||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-W4Z / | #4: 糖 | ChemComp-GLC / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 非ポリマーの詳細 | YB-16 is 6-deoxy-6-acetamino-alpha,alpha-trehalose. It consists of W4Z and GLC. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM Magnesium sulfate hydrate, 50 mM HEPES sodium pH 7.0 and 1.6 M Lithium sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 31351 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 13.79 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.15 Å / Num. unique obs: 3067 / CC1/2: 0.813 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.34 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.34 Å
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拘束条件 |
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