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万見
- PDB-8j7m: ion channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j7m
タイトルion channel
要素ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-POV / Green fluorescent protein / Voltage dependent ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen, H.W. / Jiang, D.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)31971134 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural mechanism of voltage-gated sodium channel slow inactivation.
著者: Huiwen Chen / Zhanyi Xia / Jie Dong / Bo Huang / Jiangtao Zhang / Feng Zhou / Rui Yan / Yiqiang Shi / Jianke Gong / Juquan Jiang / Zhuo Huang / Daohua Jiang /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels mediate a plethora of electrical activities. Na channels govern cellular excitability in response to depolarizing stimuli. Inactivation is an intrinsic property of ...Voltage-gated sodium (Na) channels mediate a plethora of electrical activities. Na channels govern cellular excitability in response to depolarizing stimuli. Inactivation is an intrinsic property of Na channels that regulates cellular excitability by controlling the channel availability. The fast inactivation, mediated by the Ile-Phe-Met (IFM) motif and the N-terminal helix (N-helix), has been well-characterized. However, the molecular mechanism underlying Na channel slow inactivation remains elusive. Here, we demonstrate that the removal of the N-helix of NaEh (NaEh) results in a slow-inactivated channel, and present cryo-EM structure of NaEh in a potential slow-inactivated state. The structure features a closed activation gate and a dilated selectivity filter (SF), indicating that the upper SF and the inner gate could serve as a gate for slow inactivation. In comparison to the NaEh structure, NaEh undergoes marked conformational shifts on the intracellular side. Together, our results provide important mechanistic insights into Na channel slow inactivation.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_admin / em_author_list / pdbx_entry_details
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _em_author_list.author / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
D: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
B: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
C: ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,95818
ポリマ－361,0514
非ポリマー6,90714
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
ion channel,Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment),Voltage dependent ion channel,Green fluorescent protein (Fragment)


分子量: 90262.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: VDC1, gfp / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: R1FVI4, UniProt: A0A059PIQ0
#2: 化合物
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ion channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81844 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0099276
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92112644
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.1243208
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.061388
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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