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- PDB-8j7e: Crystal structure of BRIL in complex with 1b3 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j7e
タイトルCrystal structure of BRIL in complex with 1b3 Fab
要素
  • Antibody 1b3 Fab Heavy chain
  • Antibody 1b3 Fab Light chain
  • Soluble cytochrome b562
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhong, Y.X. / Guo, Q. / Tao, Y.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFA0902700 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: A method for structure determination of GPCRs in various states.
著者: Qiong Guo / Binbin He / Yixuan Zhong / Haizhan Jiao / Yinhang Ren / Qinggong Wang / Qiangqiang Ge / Yongxiang Gao / Xiangyu Liu / Yang Du / Hongli Hu / Yuyong Tao /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by various ligands has been one of the primary goals in the field. Here we developed an effective universal method for GPCR cryo-electron microscopy structure determination without the need to prepare GPCR-signaling protein complexes. Using this method, we successfully solved the structures of the β-adrenergic receptor (βAR) bound to antagonistic and agonistic ligands and the adhesion GPCR ADGRL3 in the apo state. For βAR, an intermediate state stabilized by the partial agonist was captured. For ADGRL3, the structure revealed that inactive ADGRL3 adopts a compact fold and that large unusual conformational changes on both the extracellular and intracellular sides are required for activation of adhesion GPCRs. We anticipate that this method will open a new avenue for understanding GPCR structure‒function relationships and drug development.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody 1b3 Fab Heavy chain
B: Antibody 1b3 Fab Light chain
C: Antibody 1b3 Fab Heavy chain
D: Antibody 1b3 Fab Light chain
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,1426
ポリマ－125,1426
非ポリマー00
水3,153175
1
A: Antibody 1b3 Fab Heavy chain
B: Antibody 1b3 Fab Light chain
F: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5713
ポリマ－62,5713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
2
C: Antibody 1b3 Fab Heavy chain
D: Antibody 1b3 Fab Light chain
E: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5713
ポリマ－62,5713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.319, 116.319, 212.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: 抗体 Antibody 1b3 Fab Heavy chain


分子量: 25211.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Antibody 1b3 Fab Light chain


分子量: 25574.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11785.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 15% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.01 Å / Num. obs: 41670 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.546 / Num. unique obs: 4117 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.3516

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→49.01 Å / SU ML: 0.4267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8216
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 2151 5.17 %
Rwork0.1995 39476 -
obs0.2022 41627 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8200 0 0 175 8375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00628392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.811811418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05091278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.09313008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.37921440.382615X-RAY DIFFRACTION99.96
2.87-2.940.40441430.31932552X-RAY DIFFRACTION99.96
2.94-3.020.38171340.29472632X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.110.31781310.27732609X-RAY DIFFRACTION99.96
3.11-3.210.31841200.25332599X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.320.32941500.25062632X-RAY DIFFRACTION99.93
3.32-3.450.30371330.26292584X-RAY DIFFRACTION99.96
3.45-3.610.2421240.20642633X-RAY DIFFRACTION99.96
3.61-3.80.26731270.19942640X-RAY DIFFRACTION99.96
3.8-4.040.23361590.17972610X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.350.23661470.16822615X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.790.20831570.14642647X-RAY DIFFRACTION100
4.79-5.480.19841370.15552673X-RAY DIFFRACTION100
5.48-6.90.2041900.18972650X-RAY DIFFRACTION99.93
6.9-49.010.22131550.16142785X-RAY DIFFRACTION98.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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