PDB-8j6n: Crystal structure of Cystathionine gamma-lyase in complex with co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j6n

タイトル

Crystal structure of Cystathionine gamma-lyase in complex with compound 1

要素

Cystathionine gamma-lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-lyase activity / cysteine biosynthetic process / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hibi, R. / Toma-Fukai, S. / Shimizu, T. / Hanaoka, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Discovery of a cystathionine gamma-lyase (CSE) selective inhibitor targeting active-site pyridoxal 5'-phosphate (PLP) via Schiff base formation.
著者: Echizen, H. / Hanaoka, K. / Shimamoto, K. / Hibi, R. / Toma-Fukai, S. / Ohno, H. / Sasaki, E. / Komatsu, T. / Ueno, T. / Tsuchiya, Y. / Watanabe, Y. / Otsuka, T. / Saito, H. / Nagatoishi, S. ...

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	8j6n_validation.cif.gz	274.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6n	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine gamma-lyase

B: Cystathionine gamma-lyase

C: Cystathionine gamma-lyase

D: Cystathionine gamma-lyase

E: Cystathionine gamma-lyase

H: Cystathionine gamma-lyase

J: Cystathionine gamma-lyase

K: Cystathionine gamma-lyase

F: Cystathionine gamma-lyase

G: Cystathionine gamma-lyase

I: Cystathionine gamma-lyase

L: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

521 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Cystathionine gamma-lyase

B: Cystathionine gamma-lyase

C: Cystathionine gamma-lyase

D: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
174 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Cystathionine gamma-lyase

H: Cystathionine gamma-lyase

F: Cystathionine gamma-lyase

G: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 4 ポリマー
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3

J: Cystathionine gamma-lyase

K: Cystathionine gamma-lyase

I: Cystathionine gamma-lyase

L: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	176.214, 184.121, 175.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	1	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
1	2	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	2	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
1	3	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	3	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
1	4	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	4	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
1	5	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	5	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
1	6	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	6	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
1	7	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	7	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
1	8	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	8	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	9	ALA	ALA	A	A	10 - 397	3 - 390
2	9	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	10	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	10	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	11	PRO	PRO	A	A	10 - 399	3 - 392
2	11	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	12	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	12	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
1	13	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	13	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
1	14	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	14	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
1	15	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	15	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
1	16	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	16	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
1	17	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	17	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
1	18	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	18	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	19	ALA	ALA	B	B	10 - 397	3 - 390
2	19	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	20	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	20	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	21	PRO	PRO	B	B	10 - 399	3 - 392
2	21	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	22	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	22	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
1	23	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	23	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
1	24	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	24	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
1	25	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	25	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
1	26	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	26	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
1	27	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	27	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	28	ALA	ALA	C	C	10 - 397	3 - 390
2	28	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	29	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	29	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	30	PRO	PRO	C	C	10 - 399	3 - 392
2	30	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	31	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
2	31	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
1	32	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
2	32	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
1	33	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
2	33	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
1	34	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
2	34	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
1	35	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
2	35	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	36	ALA	ALA	D	D	10 - 397	3 - 390
2	36	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	37	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
2	37	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	38	PRO	PRO	D	D	10 - 399	3 - 392
2	38	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	39	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
2	39	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
1	40	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
2	40	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
1	41	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
2	41	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
1	42	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
2	42	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	43	ALA	ALA	E	E	10 - 397	3 - 390
2	43	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	44	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
2	44	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	45	PRO	PRO	E	E	10 - 399	3 - 392
2	45	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	46	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
2	46	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
1	47	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
2	47	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
1	48	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
2	48	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	49	ALA	ALA	H	F	10 - 397	3 - 390
2	49	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	50	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
2	50	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	51	PRO	PRO	H	F	10 - 399	3 - 392
2	51	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	52	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
2	52	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
1	53	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
2	53	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	54	ALA	ALA	J	G	10 - 397	3 - 390
2	54	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	55	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
2	55	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	56	PRO	PRO	J	G	10 - 399	3 - 392
2	56	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	57	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
2	57	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
1	58	ALA	ALA	K	H	10 - 397	3 - 390
2	58	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	59	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
2	59	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	60	PRO	PRO	K	H	10 - 399	3 - 392
2	60	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	61	ALA	ALA	F	I	10 - 397	3 - 390
2	61	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
1	62	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
2	62	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
1	63	PRO	PRO	F	I	10 - 399	3 - 392
2	63	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392
1	64	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
2	64	ALA	ALA	I	K	10 - 397	3 - 390
1	65	ALA	ALA	G	J	10 - 397	3 - 390
2	65	ALA	ALA	L	L	10 - 397	3 - 390
1	66	PRO	PRO	I	K	10 - 399	3 - 392
2	66	PRO	PRO	L	L	10 - 399	3 - 392

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Cystathionine gamma-lyase / Cysteine-protein sulfhydrase / Gamma-cystathionase 分子量: 42952.457 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cth, CSE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EQS4, cystathionine gamma-lyase
#2: 化合物	ChemComp-TVJ / [6-methyl-4-[(~{E})-(oxamoylhydrazinylidene)methyl]-5-oxidanyl-pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate 分子量: 332.207 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.18 M tri-Ammonium citrate, 20% Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.98 Å / Num. obs: 430998 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 20919 / CC_1/2: 0.729

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→48.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.143 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1957	21313	5 %	RANDOM
R_work	0.17247	-	-	-
obs	0.17362	409120	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→48.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35980	0	344	2979	39303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	37627
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	36260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.64	51129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	1.575	83774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.217	5	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.714	21.957	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.814	15	6516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.633	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	5014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	42474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	8278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.09	2.109	18918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.088	2.109	18917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.989	3.153	23681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.99	3.153	23682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.394	2.515	18709
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.394	2.515	18710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.308	3.598	27347
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.621	26.008	41854
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.547	25.716	41278
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12810	0.05
1	2	B	12810	0.05
2	1	A	12811	0.05
2	2	C	12811	0.05
3	1	A	12821	0.05
3	2	D	12821	0.05
4	1	A	12793	0.05
4	2	E	12793	0.05
5	1	A	12754	0.05
5	2	H	12754	0.05
6	1	A	12794	0.05
6	2	J	12794	0.05
7	1	A	12751	0.05
7	2	K	12751	0.05
8	1	A	12816	0.05
8	2	F	12816	0.05
9	1	A	12677	0.05
9	2	G	12677	0.05
10	1	A	12774	0.05
10	2	I	12774	0.05
11	1	A	12737	0.06
11	2	L	12737	0.06
12	1	B	12865	0.05
12	2	C	12865	0.05
13	1	B	12823	0.06
13	2	D	12823	0.06
14	1	B	12820	0.06
14	2	E	12820	0.06
15	1	B	12801	0.06
15	2	H	12801	0.06
16	1	B	12829	0.06
16	2	J	12829	0.06
17	1	B	12811	0.05
17	2	K	12811	0.05
18	1	B	12832	0.06
18	2	F	12832	0.06
19	1	B	12714	0.05
19	2	G	12714	0.05
20	1	B	12821	0.06
20	2	I	12821	0.06
21	1	B	12774	0.06
21	2	L	12774	0.06
22	1	C	12919	0.05
22	2	D	12919	0.05
23	1	C	12875	0.05
23	2	E	12875	0.05
24	1	C	12857	0.05
24	2	H	12857	0.05
25	1	C	12867	0.05
25	2	J	12867	0.05
26	1	C	12820	0.05
26	2	K	12820	0.05
27	1	C	12870	0.05
27	2	F	12870	0.05
28	1	C	12760	0.05
28	2	G	12760	0.05
29	1	C	12854	0.05
29	2	I	12854	0.05
30	1	C	12862	0.05
30	2	L	12862	0.05
31	1	D	12821	0.05
31	2	E	12821	0.05
32	1	D	12806	0.05
32	2	H	12806	0.05
33	1	D	12833	0.05
33	2	J	12833	0.05
34	1	D	12794	0.05
34	2	K	12794	0.05
35	1	D	12848	0.05
35	2	F	12848	0.05
36	1	D	12717	0.05
36	2	G	12717	0.05
37	1	D	12802	0.06
37	2	I	12802	0.06
38	1	D	12811	0.05
38	2	L	12811	0.05
39	1	E	12766	0.05
39	2	H	12766	0.05
40	1	E	12811	0.05
40	2	J	12811	0.05
41	1	E	12730	0.06
41	2	K	12730	0.06
42	1	E	12806	0.05
42	2	F	12806	0.05
43	1	E	12660	0.05
43	2	G	12660	0.05
44	1	E	12796	0.05
44	2	I	12796	0.05
45	1	E	12716	0.05
45	2	L	12716	0.05
46	1	H	12785	0.06
46	2	J	12785	0.06
47	1	H	12827	0.04
47	2	K	12827	0.04
48	1	H	12811	0.05
48	2	F	12811	0.05
49	1	H	12757	0.04
49	2	G	12757	0.04
50	1	H	12794	0.05
50	2	I	12794	0.05
51	1	H	12833	0.04
51	2	L	12833	0.04
52	1	J	12820	0.05
52	2	K	12820	0.05
53	1	J	12896	0.04
53	2	F	12896	0.04
54	1	J	12742	0.05
54	2	G	12742	0.05
55	1	J	12854	0.05
55	2	I	12854	0.05
56	1	J	12788	0.06
56	2	L	12788	0.06
57	1	K	12806	0.05
57	2	F	12806	0.05
58	1	K	12761	0.04
58	2	G	12761	0.04
59	1	K	12765	0.06
59	2	I	12765	0.06
60	1	K	12799	0.05
60	2	L	12799	0.05
61	1	F	12730	0.05
61	2	G	12730	0.05
62	1	F	12833	0.06
62	2	I	12833	0.06
63	1	F	12796	0.06
63	2	L	12796	0.06
64	1	G	12710	0.05
64	2	I	12710	0.05
65	1	G	12757	0.04
65	2	L	12757	0.04
66	1	I	12768	0.05
66	2	L	12768	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	1603	-
R_work	0.263	30173	-
obs	-	-	99.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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