PDB-8j68: Crystal structure of the LOV1 R60K mutant of Klebsormidium nitens...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j68

タイトル

Crystal structure of the LOV1 R60K mutant of Klebsormidium nitens phototropin

要素

Phototropin

キーワード

FLAVOPROTEIN / flavin binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsormidium nitens (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.845 Å

データ登録者

Gautam, A.K. / Sharma, S. / Gourinath, S. / Kateriya, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Unusual photodynamic characteristics of the light-oxygen-voltage domain of phototropin linked to terrestrial adaptation of Klebsormidium nitens.
著者: Sharma, S. / Gautam, A.K. / Singh, R. / Gourinath, S. / Kateriya, S.

履歴

登録	2023年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j68.cif.gz	46.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j68.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i11C 8il9C 8iynC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Phototropin

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phototropin

ヘテロ分子

A: Phototropin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.905, 53.905, 137.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Phototropin 分子量: 16982.305 Da / 分子数: 1 / 変異: R60K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsormidium nitens (植物) / 遺伝子: KFL_000480260 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y1HNG4
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic at pH 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.845→53.905 Å / Num. obs: 15532 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.845→5.005 Å / Num. unique obs: 965 / CC_1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.845→38.146 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.231 / WR_factor R_work: 0.177 / SU B: 3.142 / SU ML: 0.089 / Average fsc free: 0.9585 / Average fsc work: 0.9736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	668	5.231 %
R_work	0.1708	12102	-
all	0.173	-	-
obs	-	12770	70.007 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.307 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.016 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.016 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.031 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.845→38.146 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	962	0	31	103	1096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	1.652	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.528	1.567	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.854	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.571	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.348	10	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.046	10	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.532	3.625	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.53	3.626	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.825	6.471	638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.824	6.475	639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.867	3.966	503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.825	3.953	500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.239	7.044	740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.234	7.042	741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.973	44.879	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.942	42.12	1196

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.845-1.893	0.392	7	0.298	97	0.303	1301	0.884	0.934	7.9939	0.29
1.893-1.945	0.37	22	0.277	451	0.281	1299	0.904	0.947	36.4126	0.262
1.945-2.001	0.319	51	0.266	687	0.27	1232	0.934	0.947	59.9026	0.246
2.001-2.062	0.374	18	0.271	305	0.277	1212	0.943	0.947	26.6502	0.25
2.062-2.13	0.267	19	0.219	431	0.221	1178	0.945	0.964	38.2003	0.186
2.13-2.204	0.29	53	0.199	1034	0.203	1133	0.95	0.972	95.94	0.165
2.204-2.287	0.178	19	0.218	551	0.216	1100	0.983	0.966	51.8182	0.179
2.287-2.38	0.228	58	0.189	1005	0.191	1080	0.965	0.975	98.4259	0.156
2.38-2.486	0.263	62	0.184	939	0.189	1018	0.961	0.977	98.3301	0.158
2.486-2.606	0.236	48	0.194	915	0.197	980	0.961	0.974	98.2653	0.168
2.606-2.747	0.22	38	0.196	687	0.197	952	0.97	0.974	76.1555	0.178
2.747-2.912	0.307	46	0.182	813	0.187	884	0.932	0.977	97.1719	0.17
2.912-3.112	0.223	54	0.184	746	0.187	835	0.966	0.977	95.8084	0.178
3.112-3.36	0.232	37	0.172	753	0.175	811	0.974	0.983	97.4106	0.178
3.36-3.677	0.237	29	0.15	502	0.155	721	0.968	0.987	73.6477	0.167
3.677-4.107	0.165	28	0.132	557	0.133	678	0.984	0.99	86.2832	0.151
4.107-4.733	0.213	29	0.123	547	0.126	602	0.973	0.991	95.6811	0.148
4.733-5.774	0.164	18	0.147	471	0.148	523	0.988	0.988	93.499	0.183
5.774-8.074	0.229	24	0.182	365	0.185	421	0.975	0.98	92.399	0.235
8.074-38.146	0.084	8	0.188	246	0.185	276	0.992	0.977	92.029	0.256

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