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Yorodumi- PDB-8iyn: Crystal structure of LOV1 D33N mutant of phototropin from Klebsor... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8iyn | ||||||
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Title | Crystal structure of LOV1 D33N mutant of phototropin from Klebsormidium nitens | ||||||
Components | Phototropin | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / ELECTRON TRANSPORT | ||||||
Function / homology | Function and homology information blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsormidium nitens (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.081 Å | ||||||
Authors | Gautam, A.K. / Sharma, S. / Gourinath, S. / Kateriya, S. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of LOV1 D33N mutant of phototropin from Klebsormidium nitens Authors: Gautam, A.K. / Sharma, S. / Gourinath, S. / kateria, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8iyn.cif.gz | 83.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8iyn.ent.gz | 47.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8iyn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8iyn_validation.pdf.gz | 748.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8iyn_full_validation.pdf.gz | 749.8 KB | Display | |
Data in XML | 8iyn_validation.xml.gz | 9.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8iyn_validation.cif.gz | 12.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17009.334 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D33N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsormidium nitens (plant) / Gene: KFL_000480260 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1Y1HNG4 |
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: sodium phoshate monobasic monohydrate , potassium phosphate dibasic , pH 8.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.918402 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918402 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→49.867 Å / Num. obs: 12100 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 20 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.081→6.622 Å / Num. unique obs: 9452 / CC1/2: 0.997 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.081→49.867 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 11.007 / SU ML: 0.139 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.175 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.488 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.081→49.867 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 14.9628 Å / Origin y: 7.9209 Å / Origin z: 60.7522 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |